遺伝子やタンパク質に関連する多様なデータベース間でのID変換方法を解説します。特に、UniprotのID Mappingサービスを使えば、Uniprot IDからEnsembl ID、NCBIのEntrez IDなど、主要なデータベース間での変換が簡単に行えます。APIも提供されているため、スクリプトやプログラムでの自動化も可能です。さらに、APIの利用方法や実際のコマンド例についても触れています。 このページでは、IDマッピングの手順を詳しく説明し、実際のコマンド例を含めた具体的な手順を紹介しています。APIを用いたプロセスをステップごとに説明しており、UniprotKBからUniRefへの変換、Ensemblへの変換例を取り上げています。
PostgreSQLでERROR: duplicate key value violates unique constraintエラーが発生する原因の1つとして、Serial型のPrimary keyに手動で値を割り当てた際にシーケンスが正しく更新されないことがあります。これは、Default値であるnextvalが呼び出されないことによって起こります。この問題を解決するためには、テーブルのPrimary keyの現在の最大値をシーケンスオブジェクトに設定する必要があります。具体的な手順としては、setval関数を使用してシーケンスオブジェクトの値を調整することで、INSERT操作が正しく実行されるようになります。
このブログ記事では、PagefindというWeb上で動作する軽量な全文検索エンジンを、Next.jsのSSG（静的サイト生成）に導入する方法を紹介しています。Pagefindは日本語にも限定的に対応しています。具体的なセットアップ手順や、検索コンポーネントの実装方法、検索結果を型安全に取得するためのコード例について説明します。
React + Vite + Typescriptでchrome extensionを作成するためのテンプレートを作成しました。依存は基本的にこれらだけで、すぐに開発を進められるように設定してあります。
古いブログを最近の技術で再構築した際に使用した技術についての比較記事です。過去のブログの技術構成と、新しいブログで使用した技術の選択理由と採用しなかった技術について詳しく説明しています。
ブログでよくある、関係のある記事をランダムで記事の一番下につけるために、Next.jsでAPIを実装したあと、amp-listを使って動的にそれらを作成します。
JavascriptのclassをReactで使いたいときのuseStateなどを扱う際に便利なので、Shallow Copyのやり方をまとめる
SQLAlchemyは素晴らしいORMですが、`django`等と違ってテストや、migrationは自分でセットアップする必要があります。この記事では、alembic, pytest, mypyを使った環境をセットアップします。
統計要約量とかを特に考慮せずに、ただデータを概観したいということがあると思います。データの分布を概観するときには、ビースウォームプロットが便利です。seabornを使うことでPythonでもビースウォームプロットを簡単に使えます。