SQLAlchemy + mypy + pytestの環境を整える
更新: 2022-08-08
SQLAlchemyは素晴らしいORMですが、`django`等と違ってテストや、migrationは自分でセットアップする必要があります。この記事では、alembic, pytest, mypyを使った環境をセットアップします。
Matploblibでよくやるけどよく忘れることまとめ
更新: 2022-08-08
個人的にMatploblibでよく使うけど毎回探しに行っていることをまとめておく
Pythonでビースウォーム(beeswarm)プロットを使ってみる
更新: 2022-06-12
統計要約量とかを特に考慮せずに、ただデータを概観したいということがあると思います。データの分布を概観するときには、ビースウォームプロットが便利です。seabornを使うことでPythonでもビースウォームプロットを簡単に使えます。
matplotlibでcolorbarのみplotし、ある値がどの色になるのか判定する
更新: 2022-06-12
matplotlibを使っていて、colorbarだけ作りたいとき、そして作ったcolorbarに対して、ある値がどの色になるのか知りたい、というニッチな状況への対応策
JSONで画像をやりとりする python <-> JavaScript (React)
更新: 2022-06-12
Python、特にmatplotlibで作成したPNGファイルをJSONにSerializeしてフロントエンド側に送りたいときにどうすればいいのかについて
Phylogenetic Analysisに関するまとめ
更新: 2022-06-12
Phylogenetic Analysis各種ステップのAlignment, Trim, Model選択, Tree Constructionに関する情報、ツールに関してまとめ
PythonでGO Enrichmentの結果を図示する
更新: 2022-06-12
RにはGO Enrichmentの結果をいい感じに図示してくれるライブラリがいくつかありますが、Pythonにはありません。似たような図の作成方法をまとめます。
Bioinformaticsで使うファイルフォーマットまとめ
更新: 2022-06-12
バイオインフォマティクスをしていて、障壁になることの1つにファイルフォーマットが多すぎる、という問題があると思います。ツールを動かそうとするとこれとこれとこれが必要となって、どうやってこの形式のファイルを作ればいいんだ？ということはよくあります。備忘録を兼ねて、よく使うフォーマットと関連するツールについてまとめておきます。
Rustで高速にsliceの一部をCloneする
更新: 2022-06-04
Rustで配列をコピーしたいとき、実際問題何をするのが早いのかという話です。結論だけ書いておくと、`clone_from_slice`を使えばいいはずです。
Rust Tips
更新: 2022-05-20
rustで覚えておきたいことのメモ