SQLAlchemy + mypy + pytestの環境を整える

更新: 2022-08-08

SQLAlchemyは素晴らしいORMですが、`django`等と違ってテストや、migrationは自分でセットアップする必要があります。この記事では、alembic, pytest, mypyを使った環境をセットアップします。

Bioinformaticsで使うファイルフォーマットまとめ

更新: 2022-06-12

バイオインフォマティクスをしていて、障壁になることの1つにファイルフォーマットが多すぎる、という問題があると思います。ツールを動かそうとするとこれとこれとこれが必要となって、どうやってこの形式のファイルを作ればいいんだ?ということはよくあります。備忘録を兼ねて、よく使うフォーマットと関連するツールについてまとめておきます。

Pythonでビースウォーム(beeswarm)プロットを使ってみる

更新: 2022-06-12

統計要約量とかを特に考慮せずに、ただデータを概観したいということがあると思います。データの分布を概観するときには、ビースウォームプロットが便利です。seabornを使うことでPythonでもビースウォームプロットを簡単に使えます。