salmonの出力ファイルをtximportで加工する
更新: 2022-05-20
salmonの出力ファイルはquant.sfですが、その加工は非常に多岐に渡り、結構難しいです。tximportで加工できる先と用途についてまとめていきたいと思います。
Rustでfastq/fastq.gzを読み書きする
更新: 2022-05-20
rust-bioを使ってfastq/fastq.gzを読み書きします。
コマンドをqsubで直接ジョブに投げられるようにする
更新: 2022-05-20
スパコンを使っていると、qsubを使ってジョブを投げることがあるのではないかと思います。このときに、ワンライナーを実行したいときなど、一回ファイル作ってからコマンドを投げるのが非常にめんどくさいことがあります。そこで、Pythonのargparseとsubprocessを使って擬似的にコマンドからジョブを投げられるようにしました。
MUSCLE + trimal + RAxML-ng-mpiを使って最尤法で系統解析
更新: 2022-05-20
遺伝子の機能や、進化を考察する上でタンパク質を用いた系統解析は重要な解析手法の一つとして知られている。今回は、MUSCLEを用いてマルチプルアラインメントを作成し、非保存領域をTrimAlで除去したあと、RAxMLを用いて最尤法によって系統解析を行う。
区間に関するクエリ
更新: 2022-05-20
区間に関するクエリを行うためのツールやデータ構造に関するメモ
GO Termに関する基礎
更新: 2022-05-20
GO解析はよく使われる解析手法ですが、正確に理解するには、まずGOそのものに関する理解が必要になります。GO Termの基本についてまとめていきます。
深層学習ベースのGO termアノテーションを試してみる
更新: 2022-05-20
自然言語処理技術では深層学習技術が非常に良い成果をあげています。タンパク質配列からGO Termなどのアノテーション行い、機能を推定する方法として、これまでの多くはBLASTなどの相同性検索を用いていました。最近では、いくつかのツールが深層学習ベースで機能予測を行っています。今回はdeepgoplusを試してみることにします。
gatk4のRNA-seq bestpractice
更新: 2022-05-20
genomic sequenceと少しRNA-seqのパイプラインは違うので、bestpracticeをbashで実行するメモ
GATK4をsplit intervalを使って高速化する
更新: 2022-05-20
GATK4は実行に時間がかかるツールですが、マシンパワーさえあればsplit intervalを使って高速化できます。interval listについては日本語文献が見つからなかったのでまとめておきます。
CellRangerでSTARのパラメータを変更する
更新: 2022-05-20
single cell RNA-seqを知ってる人ならまず知っているであろう、Cell Ranger。使ったことがなかったんですが、ちょっと使ってみようかなと思いました。しかし、これ内部的にはSTARを使ってマッピングするんですが、STARのパラメーターを引数でとれない、という問題（誰も問題にしていない）があります。公式の解答としては、自分でビルドしてね、責任は持たないけど、ってことらしいです。