自分専用のTODOアプリを作る
更新: 2022-05-20
世の中にはたくさんのTODOアプリが溢れていますが、自分がやりたいことをすべてできるアプリはありませんでした。じゃあ作ってみよう、という話です。
ライブラリ調整とシーケンスの基本について
更新: 2022-05-20
次世代シーケンサー(NGS)解析技術の発展に伴い、比較的安価にシーケンスを行うことができるようになってきています。NGS解析を行うにあたって重要なライブラリ調整の原理と、シーケンサーの挙動についてまとめていきます。
NGS解析に関するまとめ
更新: 2022-05-20
次世代シーケンサーの解析って言ってもピンとこない人が多いような気がするので、知識の整理も兼ねてその辺から軽く書いていこうと思います。生物わかんない人にわかるように頑張ろうと思います。
NGSライブラリ調製の時に使用される反応まとめ
更新: 2022-05-20
NGSライブラリ調製の際には多様な反応が使用されている。それらのうち、知っているものについて原理をまとめていきたい。
SRAにAsperaを使ってデータをアップロードする
更新: 2022-05-20
httpやftpによるSRAへのデータアップロードは遅すぎるので、IBMのaspera connectを使ってデータをアップロードするやり方を使おう。
SRAからfastqをダウンロードする時の関連知識
更新: 2022-05-20
SRAからfastqファイルをダウンロードする時の関連知識
salmonの出力ファイルをtximportで加工する
更新: 2022-05-20
salmonの出力ファイルはquant.sfですが、その加工は非常に多岐に渡り、結構難しいです。tximportで加工できる先と用途についてまとめていきたいと思います。
Rustでfastq/fastq.gzを読み書きする
更新: 2022-05-20
rust-bioを使ってfastq/fastq.gzを読み書きします。
コマンドをqsubで直接ジョブに投げられるようにする
更新: 2022-05-20
スパコンを使っていると、qsubを使ってジョブを投げることがあるのではないかと思います。このときに、ワンライナーを実行したいときなど、一回ファイル作ってからコマンドを投げるのが非常にめんどくさいことがあります。そこで、Pythonのargparseとsubprocessを使って擬似的にコマンドからジョブを投げられるようにしました。
MUSCLE + trimal + RAxML-ng-mpiを使って最尤法で系統解析
更新: 2022-05-20
遺伝子の機能や、進化を考察する上でタンパク質を用いた系統解析は重要な解析手法の一つとして知られている。今回は、MUSCLEを用いてマルチプルアラインメントを作成し、非保存領域をTrimAlで除去したあと、RAxMLを用いて最尤法によって系統解析を行う。