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ABC097

Atcoder練習帳 ABC097

published: 2020/9/7 update: 2020/9/9

競技プログラミングに関するメモ

競技プログラミングに関する自分用のメモ

published: 2021/1/13 update: 2021/4/11

RustでDFSとDFS木

rustで木上のDFSとDFS木

published: 2021/1/3 update: 2021/1/6

平面上でのダイクトストラ (rust)

二次元平面上でダイクトストラやりたいってときのための覚書

published: 2020/9/15 update: 2020/9/16

Manhattan Distance Memo

マンハッタン距離に関するメモ

published: 2020/9/13 update: 2020/9/13

rust memo

rustで覚えておきたいことのメモ

published: 2020/10/5 update: 2020/12/25

知っておくと便利なbash知識

知っておくと便利そうなbash知識をまとめていきます。

published: 2020/9/28 update: 2020/12/11

Bioinformaticsで使うファイルフォーマットまとめ

バイオインフォマティクスをしていて、障壁になることの1つにファイルフォーマットが多すぎる、という問題があると思います。ツールを動かそうとするとこれとこれとこれが必要となって、どうやってこの形式のファイルを作ればいいんだ?ということはよくあり...

published: 2020/9/7 update: 2020/9/9

CellRangerでSTARのパラメータを変更する

single cell RNA-seqを知ってる人ならまず知っているであろう、Cell Ranger。使ったことがなかったんですが、ちょっと使ってみようかなと思いました。しかし、これ内部的にはSTARを使ってマッピングするんですが、STAR...

published: 2020/9/9 update: 2020/9/9

GATK4をsplit intervalを使って高速化する

GATK4は実行に時間がかかるツールですが、マシンパワーさえあればsplit intervalを使って高速化できます。interval listについては日本語文献が見つからなかったのでまとめておきます。

published: 2020/9/27 update: 2020/9/27

gatk4のRNA-seq bestpractice

genomic sequenceと少しRNA-seqのパイプラインは違うので、bestpracticeをbashで実行するメモ

published: 2020/9/9 update: 2020/9/9

深層学習ベースのGO termアノテーションを試してみる

自然言語処理技術では深層学習技術が非常に良い成果をあげています。タンパク質配列からGO Termなどのアノテーション行い、機能を推定する方法として、これまでの多くはBLASTなどの相同性検索を用いていました。最近では、いくつかのツールが深層...

published: 2021/4/11 update: 2021/4/11

MUSCLE + trimal + RAxML-ng-mpiを使って最尤法で系統解析

遺伝子の機能や、進化を考察する上でタンパク質を用いた系統解析は重要な解析手法の一つとして知られている。今回は、MUSCLEを用いてマルチプルアラインメントを作成し、非保存領域をTrimAlで除去したあと、RAxMLを用いて最尤法によって系統...

published: 2020/9/9 update: 2020/9/9

コマンドをqsubで直接ジョブに投げられるようにする

スパコンを使っていると、qsubを使ってジョブを投げることがあるのではないかと思います。このときに、ワンライナーを実行したいときなど、一回ファイル作ってからコマンドを投げるのが非常にめんどくさいことがあります。そこで、Pythonのargp...

published: 2020/9/9 update: 2020/9/9

Rustでfastq/fastq.gzを読み書きする

rust-bioを使ってfastq/fastq.gzを読み書きします。

published: 2020/12/25 update: 2020/12/25

salmonの出力ファイルをtximportで加工する

salmonの出力ファイルはquant.sfですが、その加工は非常に多岐に渡り、結構難しいです。tximportで加工できる先と用途についてまとめていきたいと思います。

published: 2021/1/19 update: 2021/2/17

NGSライブラリ調製の時に使用される反応まとめ

NGSライブラリ調製の際には多様な反応が使用されている。それらのうち、知っているものについて原理をまとめていきたい。

published: 2021/1/3 update: 2021/1/3

NGS解析に関するまとめ

次世代シーケンサーの解析って言ってもピンとこない人が多いような気がするので、知識の整理も兼ねてその辺から軽く書いていこうと思います。生物わかんない人にわかるように頑張ろうと思います。

published: 2021/1/3 update: 2021/1/3

JSONで画像をやりとりする python <-> JavaScript(React)

Python、特にmatplotlibで作成したPNGファイルをJSONにSerializeしてフロントエンド側に送りたいときにどうすればいいのかについて

published: 2020/9/24 update: 2021/4/17

Next.jsでブログを作ってみた

Wordpressでブログを作っていたが、パフォーマンスが遅いのでNext.jsで作り直した。ほしい要件、使うフレームワークの選定など。

published: 2020/9/7 update: 2020/12/11

MDX or Markdown ?

ブログ記事を書くのに、MDXを使うのか、Markdownを使うのか

published: 2020/9/7 update: 2020/9/9

Next.jsで作ったブログにStyleを適用していく

Wordpressでブログを作っていたが、パフォーマンスが遅いのでNext.jsで作り直した。markdwonでレンダリングできるようになったので、Styleを適用していく。

published: 2020/9/7 update: 2020/9/9

Next.jsでカスタムローダーを使ってmdxをAMP対応させる

Wordpressでブログを作っていたが、パフォーマンスが遅いのでNext.jsで作り直した。mdxをレンダリングするときに使うカスタムローダーを自作してAMP対応させる話。

published: 2020/9/9 update: 2020/9/9

next.jsで作ってみたブログに検索機能を導入する

next.jsで作ってみたブログに形態素解析とflexsearchで検索機能を導入する

published: 2020/9/13 update: 2020/9/15

next.jsで作ってみたブログにamp-sidebarを導入する

next.jsで作ってみたブログにtypescriptとmaterial-uiと一緒にamp-sidebarを導入してみた。

published: 2020/9/29 update: 2020/9/29

Next.jsで作ったブログをAMPとPWAに対応させる

Next.jsで作ったAMPオンリーのブログをPWAにも対応させてみた。

published: 2020/9/30 update: 2020/10/5

matplotlibでcolorbarのみplotし、ある値がどの色になるのか判定する

matplotlibを使っていて、colorbarだけ作りたいとき、そして作ったcolorbarに対して、ある値がどの色になるのか知りたい、というニッチな状況への対応策

published: 2020/9/25 update: 2021/4/11

DjangoでPylanceがimportを解決しない問題の対処法

Pylanceは非常に優れたコーディング支援拡張機能ですが、importがよく解決されなくて困っていました。小規模開発のときはまあいいか、と思ったりするのですが、djangoとかで解決されないと結構手間なので、解決法を調べたら解決したので書...

published: 2021/2/17 update: 2021/2/17

Github Actionsとcrossを使ってReleaseでクロスコンパイルしてバイナリをアップロードする

Github Actionsとcrossを使ってReleaseでクロスコンパイルしてバイナリをアップロードする

published: 2020/10/8 update: 2021/1/19

Rustのデータフレームcrateのpolarsとpandasの比較

rustにも実はpandas likeなcrateがあることを知ったのでpandasとの対応関係をまとめてた。最善である保証はありません。

published: 2021/1/9 update: 2021/1/9

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