バイオインフォマティクスをしていて、障壁になることの1つにファイルフォーマットが多すぎる、という問題があると思います。ツールを動かそうとするとこれとこれとこれが必要となって、どうやってこの形式のファイルを作ればいいんだ？ということはよくあり...
published: 2020/9/7 update: 2020/9/9
single cell RNA-seqを知ってる人ならまず知っているであろう、Cell Ranger。使ったことがなかったんですが、ちょっと使ってみようかなと思いました。しかし、これ内部的にはSTARを使ってマッピングするんですが、STAR...
published: 2020/9/9 update: 2020/9/9
GATK4は実行に時間がかかるツールですが、マシンパワーさえあればsplit intervalを使って高速化できます。interval listについては日本語文献が見つからなかったのでまとめておきます。
published: 2020/9/27 update: 2020/9/27
genomic sequenceと少しRNA-seqのパイプラインは違うので、bestpracticeをbashで実行するメモ
published: 2020/9/9 update: 2020/9/9
自然言語処理技術では深層学習技術が非常に良い成果をあげています。タンパク質配列からGO Termなどのアノテーション行い、機能を推定する方法として、これまでの多くはBLASTなどの相同性検索を用いていました。最近では、いくつかのツールが深層...
published: 2021/4/11 update: 2021/4/11
遺伝子の機能や、進化を考察する上でタンパク質を用いた系統解析は重要な解析手法の一つとして知られている。今回は、MUSCLEを用いてマルチプルアラインメントを作成し、非保存領域をTrimAlで除去したあと、RAxMLを用いて最尤法によって系統...
published: 2020/9/9 update: 2020/9/9
スパコンを使っていると、qsubを使ってジョブを投げることがあるのではないかと思います。このときに、ワンライナーを実行したいときなど、一回ファイル作ってからコマンドを投げるのが非常にめんどくさいことがあります。そこで、Pythonのargp...
published: 2020/9/9 update: 2020/9/9
rust-bioを使ってfastq/fastq.gzを読み書きします。
published: 2020/12/25 update: 2020/12/25
salmonの出力ファイルはquant.sfですが、その加工は非常に多岐に渡り、結構難しいです。tximportで加工できる先と用途についてまとめていきたいと思います。
published: 2021/1/19 update: 2021/2/17
NGSライブラリ調製の際には多様な反応が使用されている。それらのうち、知っているものについて原理をまとめていきたい。
published: 2021/1/3 update: 2021/1/3
次世代シーケンサーの解析って言ってもピンとこない人が多いような気がするので、知識の整理も兼ねてその辺から軽く書いていこうと思います。生物わかんない人にわかるように頑張ろうと思います。
published: 2021/1/3 update: 2021/1/3
Python、特にmatplotlibで作成したPNGファイルをJSONにSerializeしてフロントエンド側に送りたいときにどうすればいいのかについて
published: 2020/9/24 update: 2021/4/17
Wordpressでブログを作っていたが、パフォーマンスが遅いのでNext.jsで作り直した。ほしい要件、使うフレームワークの選定など。
published: 2020/9/7 update: 2020/12/11
Wordpressでブログを作っていたが、パフォーマンスが遅いのでNext.jsで作り直した。markdwonでレンダリングできるようになったので、Styleを適用していく。
published: 2020/9/7 update: 2020/9/9
Wordpressでブログを作っていたが、パフォーマンスが遅いのでNext.jsで作り直した。mdxをレンダリングするときに使うカスタムローダーを自作してAMP対応させる話。
published: 2020/9/9 update: 2020/9/9
next.jsで作ってみたブログに形態素解析とflexsearchで検索機能を導入する
published: 2020/9/13 update: 2020/9/15
next.jsで作ってみたブログにtypescriptとmaterial-uiと一緒にamp-sidebarを導入してみた。
published: 2020/9/29 update: 2020/9/29
Next.jsで作ったAMPオンリーのブログをPWAにも対応させてみた。
published: 2020/9/30 update: 2020/10/5
matplotlibを使っていて、colorbarだけ作りたいとき、そして作ったcolorbarに対して、ある値がどの色になるのか知りたい、というニッチな状況への対応策
published: 2020/9/25 update: 2021/4/11
Pylanceは非常に優れたコーディング支援拡張機能ですが、importがよく解決されなくて困っていました。小規模開発のときはまあいいか、と思ったりするのですが、djangoとかで解決されないと結構手間なので、解決法を調べたら解決したので書...
published: 2021/2/17 update: 2021/2/17
Github Actionsとcrossを使ってReleaseでクロスコンパイルしてバイナリをアップロードする
published: 2020/10/8 update: 2021/1/19
rustにも実はpandas likeなcrateがあることを知ったのでpandasとの対応関係をまとめてた。最善である保証はありません。
published: 2021/1/9 update: 2021/1/9
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