Bioinformaticsで使うファイルフォーマットまとめ

更新: 2022-06-12

bioinformatics

バイオインフォマティクスをしていて、障壁になることの1つにファイルフォーマットが多すぎる、という問題があると思います。ツールを動かそうとするとこれとこれとこれが必要となって、どうやってこの形式のファイルを作ればいいんだ？ということはよくあります。備忘録を兼ねて、よく使うフォーマットと関連するツールについてまとめておきます。

CellRangerでSTARのパラメータを変更する

更新: 2022-05-20

bioinformaticssc-rnaseq

single cell RNA-seqを知ってる人ならまず知っているであろう、Cell Ranger。使ったことがなかったんですが、ちょっと使ってみようかなと思いました。しかし、これ内部的にはSTARを使ってマッピングするんですが、STARのパラメーターを引数でとれない、という問題（誰も問題にしていない）があります。公式の解答としては、自分でビルドしてね、責任は持たないけど、ってことらしいです。

GO Termに関する基礎

更新: 2022-05-20

bioinformaticsgoterm

GO解析はよく使われる解析手法ですが、正確に理解するには、まずGOそのものに関する理解が必要になります。GO Termの基本についてまとめていきます。

MUSCLE + trimal + RAxML-ng-mpiを使って最尤法で系統解析

更新: 2022-05-20

bioinformaticsphylogeny

遺伝子の機能や、進化を考察する上でタンパク質を用いた系統解析は重要な解析手法の一つとして知られている。今回は、MUSCLEを用いてマルチプルアラインメントを作成し、非保存領域をTrimAlで除去したあと、RAxMLを用いて最尤法によって系統解析を行う。