更新: 2024-09-28
遺伝子やタンパク質に関連する多様なデータベース間でのID変換方法を解説します。特に、UniprotのID Mappingサービスを使えば、Uniprot IDからEnsembl ID、NCBIのEntrez IDなど、主要なデータベース間での変換が簡単に行えます。APIも提供されているため、スクリプトやプログラムでの自動化も可能です。さらに、APIの利用方法や実際のコマンド例についても触れています。 このページでは、IDマッピングの手順を詳しく説明し、実際のコマンド例を含めた具体的な手順を紹介しています。APIを用いたプロセスをステップごとに説明しており、UniprotKBからUniRefへの変換、Ensemblへの変換例を取り上げています。
更新: 2022-06-12
Phylogenetic Analysis各種ステップのAlignment, Trim, Model選択, Tree Constructionに関する情報、ツールに関してまとめ
更新: 2022-06-12
RにはGO Enrichmentの結果をいい感じに図示してくれるライブラリがいくつかありますが、Pythonにはありません。似たような図の作成方法をまとめます。
更新: 2022-06-12
バイオインフォマティクスをしていて、障壁になることの1つにファイルフォーマットが多すぎる、という問題があると思います。ツールを動かそうとするとこれとこれとこれが必要となって、どうやってこの形式のファイルを作ればいいんだ？ということはよくあります。備忘録を兼ねて、よく使うフォーマットと関連するツールについてまとめておきます。
更新: 2022-05-20
httpやftpによるSRAへのデータアップロードは遅すぎるので、IBMのaspera connectを使ってデータをアップロードするやり方を使おう。
更新: 2022-05-20
SRAからfastqファイルをダウンロードする時の関連知識
更新: 2022-05-20
salmonの出力ファイルはquant.sfですが、その加工は非常に多岐に渡り、結構難しいです。tximportで加工できる先と用途についてまとめていきたいと思います。
更新: 2022-05-20
rust-bioを使ってfastq/fastq.gzを読み書きします。
更新: 2022-05-20
遺伝子の機能や、進化を考察する上でタンパク質を用いた系統解析は重要な解析手法の一つとして知られている。今回は、MUSCLEを用いてマルチプルアラインメントを作成し、非保存領域をTrimAlで除去したあと、RAxMLを用いて最尤法によって系統解析を行う。
更新: 2022-05-20
区間に関するクエリを行うためのツールやデータ構造に関するメモ