Phylogenetic Analysisに関するまとめ
更新: 2022-06-12
Phylogenetic Analysis各種ステップのAlignment, Trim, Model選択, Tree Constructionに関する情報、ツールに関してまとめ
Bioinformaticsで使うファイルフォーマットまとめ
更新: 2022-06-12
バイオインフォマティクスをしていて、障壁になることの1つにファイルフォーマットが多すぎる、という問題があると思います。ツールを動かそうとするとこれとこれとこれが必要となって、どうやってこの形式のファイルを作ればいいんだ？ということはよくあります。備忘録を兼ねて、よく使うフォーマットと関連するツールについてまとめておきます。
PythonでGO Enrichmentの結果を図示する
更新: 2022-06-12
RにはGO Enrichmentの結果をいい感じに図示してくれるライブラリがいくつかありますが、Pythonにはありません。似たような図の作成方法をまとめます。
MUSCLE + trimal + RAxML-ng-mpiを使って最尤法で系統解析
更新: 2022-05-20
遺伝子の機能や、進化を考察する上でタンパク質を用いた系統解析は重要な解析手法の一つとして知られている。今回は、MUSCLEを用いてマルチプルアラインメントを作成し、非保存領域をTrimAlで除去したあと、RAxMLを用いて最尤法によって系統解析を行う。
区間に関するクエリ
更新: 2022-05-20
区間に関するクエリを行うためのツールやデータ構造に関するメモ
CellRangerでSTARのパラメータを変更する
更新: 2022-05-20
single cell RNA-seqを知ってる人ならまず知っているであろう、Cell Ranger。使ったことがなかったんですが、ちょっと使ってみようかなと思いました。しかし、これ内部的にはSTARを使ってマッピングするんですが、STARのパラメーターを引数でとれない、という問題（誰も問題にしていない）があります。公式の解答としては、自分でビルドしてね、責任は持たないけど、ってことらしいです。
Rustでfastq/fastq.gzを読み書きする
更新: 2022-05-20
rust-bioを使ってfastq/fastq.gzを読み書きします。
GATK4をsplit intervalを使って高速化する
更新: 2022-05-20
GATK4は実行に時間がかかるツールですが、マシンパワーさえあればsplit intervalを使って高速化できます。interval listについては日本語文献が見つからなかったのでまとめておきます。
gatk4のRNA-seq bestpractice
更新: 2022-05-20
genomic sequenceと少しRNA-seqのパイプラインは違うので、bestpracticeをbashで実行するメモ
salmonの出力ファイルをtximportで加工する
更新: 2022-05-20
salmonの出力ファイルはquant.sfですが、その加工は非常に多岐に渡り、結構難しいです。tximportで加工できる先と用途についてまとめていきたいと思います。