salmonの出力ファイルをtximportで加工する
更新: 2022-05-20
salmonの出力ファイルはquant.sfですが、その加工は非常に多岐に渡り、結構難しいです。tximportで加工できる先と用途についてまとめていきたいと思います。
Next.jsで作ったブログにStyleを適用していく
更新: 2022-05-20
Wordpressでブログを作っていたが、パフォーマンスが遅いのでNext.jsで作り直した。markdwonでレンダリングできるようになったので、Styleを適用していく。
Github Actionsとcrossを使ってReleaseでクロスコンパイルしてバイナリをアップロードする
更新: 2022-05-20
Github Actionsとcrossを使ってReleaseでクロスコンパイルしてバイナリをアップロードする
知っておくと便利なbash知識
更新: 2022-05-20
知っておくと便利そうなbash知識をまとめていきます。
MUSCLE + trimal + RAxML-ng-mpiを使って最尤法で系統解析
更新: 2022-05-20
遺伝子の機能や、進化を考察する上でタンパク質を用いた系統解析は重要な解析手法の一つとして知られている。今回は、MUSCLEを用いてマルチプルアラインメントを作成し、非保存領域をTrimAlで除去したあと、RAxMLを用いて最尤法によって系統解析を行う。
Excvrとrust-analyzerでJupyterでRust
更新: 2022-05-20
RustでJupyter環境を構築して、rust-analyzerで補完できるようにします。
コマンドをqsubで直接ジョブに投げられるようにする
更新: 2022-05-20
スパコンを使っていると、qsubを使ってジョブを投げることがあるのではないかと思います。このときに、ワンライナーを実行したいときなど、一回ファイル作ってからコマンドを投げるのが非常にめんどくさいことがあります。そこで、Pythonのargparseとsubprocessを使って擬似的にコマンドからジョブを投げられるようにしました。
Rustのデータフレームcrateのpolarsとpandasの比較
更新: 2022-05-20
rustにも実はpandas likeなcrateがあることを知ったのでpandasとの対応関係をまとめてた。最善である保証はありません。
bit全探索を理解するために
更新: 2022-05-20
bit全探索が何をやっているのか理解するのが難しかったので、何が起こっているのかをまとめた
便利なWebサービスについてのまとめ
更新: 2022-05-20
プログラミングの勉強や開発する時に便利なWebサービスについてまとめていきます。