Bioinformaticsで使うファイルフォーマットまとめ

作成

2022-05-20

更新

2022-06-12

バイオインフォマティクスをしていて、障壁になることの1つにファイルフォーマットが多すぎる、という問題があると思います。ツールを動かそうとするとこれとこれとこれが必要となって、どうやってこの形式のファイルを作ればいいんだ?ということはよくあります。備忘録を兼ねて、よく使うフォーマットと関連するツールについてまとめておきます。

GO Termに関する基礎

作成

2022-05-20

更新

2022-05-20

GO解析はよく使われる解析手法ですが、正確に理解するには、まずGOそのものに関する理解が必要になります。GO Termの基本についてまとめていきます。

深層学習ベースのGO termアノテーションを試してみる

作成

2022-05-20

更新

2022-05-20

自然言語処理技術では深層学習技術が非常に良い成果をあげています。タンパク質配列からGO Termなどのアノテーション行い、機能を推定する方法として、これまでの多くはBLASTなどの相同性検索を用いていました。最近では、いくつかのツールが深層学習ベースで機能予測を行っています。今回はdeepgoplusを試してみることにします。

CellRangerでSTARのパラメータを変更する

作成

2022-05-20

更新

2022-05-20

single cell RNA-seqを知ってる人ならまず知っているであろう、Cell Ranger。使ったことがなかったんですが、ちょっと使ってみようかなと思いました。しかし、これ内部的にはSTARを使ってマッピングするんですが、STARのパラメーターを引数でとれない、という問題(誰も問題にしていない)があります。公式の解答としては、自分でビルドしてね、責任は持たないけど、ってことらしいです。