PythonでGO Enrichmentの結果を図示する
作成
2022-05-20
更新
2022-06-12
RにはGO Enrichmentの結果をいい感じに図示してくれるライブラリがいくつかありますが、Pythonにはありません。似たような図の作成方法をまとめます。
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2022-05-20
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2022-06-12
RにはGO Enrichmentの結果をいい感じに図示してくれるライブラリがいくつかありますが、Pythonにはありません。似たような図の作成方法をまとめます。
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2022-05-20
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2022-06-12
Phylogenetic Analysis各種ステップのAlignment, Trim, Model選択, Tree Constructionに関する情報、ツールに関してまとめ
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2022-05-20
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2022-06-12
バイオインフォマティクスをしていて、障壁になることの1つにファイルフォーマットが多すぎる、という問題があると思います。ツールを動かそうとするとこれとこれとこれが必要となって、どうやってこの形式のファイルを作ればいいんだ?ということはよくあります。備忘録を兼ねて、よく使うフォーマットと関連するツールについてまとめておきます。
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2022-05-20
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2022-05-20
salmonの出力ファイルはquant.sfですが、その加工は非常に多岐に渡り、結構難しいです。tximportで加工できる先と用途についてまとめていきたいと思います。
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2022-05-20
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2022-05-20
区間に関するクエリを行うためのツールやデータ構造に関するメモ
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2022-05-20
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2022-05-20
GATK4は実行に時間がかかるツールですが、マシンパワーさえあればsplit intervalを使って高速化できます。interval listについては日本語文献が見つからなかったのでまとめておきます。
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2022-05-20
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2022-05-20
SRAからfastqファイルをダウンロードする時の関連知識
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2022-05-20
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2022-05-20
single cell RNA-seqを知ってる人ならまず知っているであろう、Cell Ranger。使ったことがなかったんですが、ちょっと使ってみようかなと思いました。しかし、これ内部的にはSTARを使ってマッピングするんですが、STARのパラメーターを引数でとれない、という問題(誰も問題にしていない)があります。公式の解答としては、自分でビルドしてね、責任は持たないけど、ってことらしいです。
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2022-05-20
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2022-05-20
httpやftpによるSRAへのデータアップロードは遅すぎるので、IBMのaspera connectを使ってデータをアップロードするやり方を使おう。
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2022-05-20
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2022-05-20
genomic sequenceと少しRNA-seqのパイプラインは違うので、bestpracticeをbashで実行するメモ