techblog2026-04-11
Bioinformaticsで使うファイルフォーマットまとめ
バイオインフォマティクスで障壁になることの1つにファイルフォーマットが多すぎるという問題があります。ツールを動かそうとするとこれとこれが必要、どうやってこの形式のファイルを作ればいいんだ、ということはよくあるので、備忘録を兼ねてよく使うフォーマットと関連ツールをまとめておきます。
bioinformatics タグの記事一覧
techblog2026-04-09
GO Termに関する基礎
GO解析はよく使われる解析手法ですが、正確に理解するには、まずGOそのものに関する理解が必要になります。GO Termの基本についてまとめていきます。
techblog2026-03-25
PythonでGO Enrichmentの結果を図示する
RにはGO Enrichmentの結果をいい感じに図示してくれるライブラリがいくつかありますが、Pythonにはありません。基本的なプロットからsemantic similarityを利用したheatmap・MDS scatter・ネットワーク・treemapまで、似たような図の作成方法をまとめます。
techblog2024-09-28
UniprotのID mapping APIを利用した遺伝子IDの変換
遺伝子やタンパク質に関連する多様なデータベース間でのID変換方法を解説します。特に、UniprotのID Mappingサービスを使えば、Uniprot IDからEnsembl ID、NCBIのEntrez IDなど、主要なデータベース間での変換が簡単に行えます。APIも提供されているため、スクリプトやプログラムでの自動化も可能です。さらに、APIの利用方法や実際のコマンド例についても触れています。 このページでは、IDマッピングの手順を詳しく説明し、実際のコマンド例を含めた具体的な手順を紹介しています。APIを用いたプロセスをステップごとに説明しており、UniprotKBからUniRefへの変換、Ensemblへの変換例を取り上げています。
techblog2022-06-12
Phylogenetic Analysisに関するまとめ
Phylogenetic Analysis各種ステップのAlignment, Trim, Model選択, Tree Constructionに関する情報、ツールに関してまとめ
techblog2022-05-20
SRAにAsperaを使ってデータをアップロードする
httpやftpによるSRAへのデータアップロードは遅すぎるので、IBMのaspera connectを使ってデータをアップロードするやり方を使おう。
techblog2022-05-20
GATK4をsplit intervalを使って高速化する
GATK4は実行に時間がかかるツールですが、マシンパワーさえあればsplit intervalを使って高速化できます。interval listについては日本語文献が見つからなかったのでまとめておきます。
techblog2022-05-20
MUSCLE + trimal + RAxML-ng-mpiを使って最尤法で系統解析
遺伝子の機能や、進化を考察する上でタンパク質を用いた系統解析は重要な解析手法の一つとして知られている。今回は、MUSCLEを用いてマルチプルアラインメントを作成し、非保存領域をTrimAlで除去したあと、RAxMLを用いて最尤法によって系統解析を行う。
techblog2022-05-20
深層学習ベースのGO termアノテーションを試してみる
自然言語処理技術では深層学習技術が非常に良い成果をあげています。タンパク質配列からGO Termなどのアノテーション行い、機能を推定する方法として、これまでの多くはBLASTなどの相同性検索を用いていました。最近では、いくつかのツールが深層学習ベースで機能予測を行っています。今回はdeepgoplusを試してみることにします。