techblog2022-05-20
GATK4をsplit intervalを使って高速化する
GATK4は実行に時間がかかるツールですが、マシンパワーさえあればsplit intervalを使って高速化できます。interval listについては日本語文献が見つからなかったのでまとめておきます。
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techblog2022-05-20
gatk4のRNA-seq bestpractice
genomic sequenceと少しRNA-seqのパイプラインは違うので、bestpracticeをbashで実行するメモ