techblog2022-05-20
CellRangerでSTARのパラメータを変更する
single cell RNA-seqを知ってる人ならまず知っているであろう、Cell Ranger。使ったことがなかったんですが、ちょっと使ってみようかなと思いました。しかし、これ内部的にはSTARを使ってマッピングするんですが、STARのパラメーターを引数でとれない、という問題（誰も問題にしていない）があります。公式の解答としては、自分でビルドしてね、責任は持たないけど、ってことらしいです。
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techblog2022-05-20
gatk4のRNA-seq bestpractice
genomic sequenceと少しRNA-seqのパイプラインは違うので、bestpracticeをbashで実行するメモ
techblog2022-05-20
salmonの出力ファイルをtximportで加工する
salmonの出力ファイルはquant.sfですが、その加工は非常に多岐に渡り、結構難しいです。tximportで加工できる先と用途についてまとめていきたいと思います。