techblog2022-05-20
MUSCLE + trimal + RAxML-ng-mpiを使って最尤法で系統解析
遺伝子の機能や、進化を考察する上でタンパク質を用いた系統解析は重要な解析手法の一つとして知られている。今回は、MUSCLEを用いてマルチプルアラインメントを作成し、非保存領域をTrimAlで除去したあと、RAxMLを用いて最尤法によって系統解析を行う。
techblog2022-05-20
CellRangerでSTARのパラメータを変更する
single cell RNA-seqを知ってる人ならまず知っているであろう、Cell Ranger。使ったことがなかったんですが、ちょっと使ってみようかなと思いました。しかし、これ内部的にはSTARを使ってマッピングするんですが、STARのパラメーターを引数でとれない、という問題（誰も問題にしていない）があります。公式の解答としては、自分でビルドしてね、責任は持たないけど、ってことらしいです。