techblog2022-05-20
gatk4のRNA-seq bestpractice
genomic sequenceと少しRNA-seqのパイプラインは違うので、bestpracticeをbashで実行するメモ
techblog2022-05-20
深層学習ベースのGO termアノテーションを試してみる
自然言語処理技術では深層学習技術が非常に良い成果をあげています。タンパク質配列からGO Termなどのアノテーション行い、機能を推定する方法として、これまでの多くはBLASTなどの相同性検索を用いていました。最近では、いくつかのツールが深層学習ベースで機能予測を行っています。今回はdeepgoplusを試してみることにします。
techblog2022-05-20
MUSCLE + trimal + RAxML-ng-mpiを使って最尤法で系統解析
遺伝子の機能や、進化を考察する上でタンパク質を用いた系統解析は重要な解析手法の一つとして知られている。今回は、MUSCLEを用いてマルチプルアラインメントを作成し、非保存領域をTrimAlで除去したあと、RAxMLを用いて最尤法によって系統解析を行う。
techblog2022-05-20
コマンドをqsubで直接ジョブに投げられるようにする
スパコンを使っていると、qsubを使ってジョブを投げることがあるのではないかと思います。このときに、ワンライナーを実行したいときなど、一回ファイル作ってからコマンドを投げるのが非常にめんどくさいことがあります。そこで、Pythonのargparseとsubprocessを使って擬似的にコマンドからジョブを投げられるようにしました。
techblog2022-05-20
salmonの出力ファイルをtximportで加工する
salmonの出力ファイルはquant.sfですが、その加工は非常に多岐に渡り、結構難しいです。tximportで加工できる先と用途についてまとめていきたいと思います。
techblog2022-05-20
SRAにAsperaを使ってデータをアップロードする
httpやftpによるSRAへのデータアップロードは遅すぎるので、IBMのaspera connectを使ってデータをアップロードするやり方を使おう。