plotly.jsのbundle sizeを削減する
plotlyはJavascriptだけでなくPythonやRでも使われている非常に利便性の高いライブラリです。しかし、フロントエンドで使うにはバンドルサイズが大きすぎるという問題があります。plotlyのバンドルサイズの削減方法と、react-plotly.jsでの適用方法をまとめておきます。
React + useContext + TypescriptでDI
ReactでDIみたいなことをuseContextを使ってやるときに、型安全にできるようにするための方法
自分専用のTODOアプリを作る
世の中にはたくさんのTODOアプリが溢れていますが、自分がやりたいことをすべてできるアプリはありませんでした。じゃあ作ってみよう、という話です。
NGS解析に関するまとめ
次世代シーケンサーの解析って言ってもピンとこない人が多いような気がするので、知識の整理も兼ねてその辺から軽く書いていこうと思います。生物わかんない人にわかるように頑張ろうと思います。
ライブラリ調整とシーケンスの基本について
次世代シーケンサー(NGS)解析技術の発展に伴い、比較的安価にシーケンスを行うことができるようになってきています。NGS解析を行うにあたって重要なライブラリ調整の原理と、シーケンサーの挙動についてまとめていきます。
CellRangerでSTARのパラメータを変更する
single cell RNA-seqを知ってる人ならまず知っているであろう、Cell Ranger。使ったことがなかったんですが、ちょっと使ってみようかなと思いました。しかし、これ内部的にはSTARを使ってマッピングするんですが、STARのパラメーターを引数でとれない、という問題（誰も問題にしていない）があります。公式の解答としては、自分でビルドしてね、責任は持たないけど、ってことらしいです。
GATK4をsplit intervalを使って高速化する
GATK4は実行に時間がかかるツールですが、マシンパワーさえあればsplit intervalを使って高速化できます。interval listについては日本語文献が見つからなかったのでまとめておきます。