gatk4のRNA-seq bestpractice

更新: 2022-05-20

bioinformaticsgatk

genomic sequenceと少しRNA-seqのパイプラインは違うので、bestpracticeをbashで実行するメモ

GATK4をsplit intervalを使って高速化する

更新: 2022-05-20

bioinformaticsgatk

GATK4は実行に時間がかかるツールですが、マシンパワーさえあればsplit intervalを使って高速化できます。interval listについては日本語文献が見つからなかったのでまとめておきます。