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genomic sequenceと少しRNA-seqのパイプラインは違うので、bestpracticeをbashで実行するメモ

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

思ったよりFastAPI、PostgresでHerokuにデプロイするということにだけ焦点を当てた記事が見つからなかったので書いておきました。

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

遺伝子の機能や、進化を考察する上でタンパク質を用いた系統解析は重要な解析手法の一つとして知られている。今回は、MUSCLEを用いてマルチプルアラインメントを作成し、非保存領域をTrimAlで除去したあと、RAxMLを用いて最尤法によって系統...

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

rust-bioを使ってfastq/fastq.gzを読み書きします。

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

GO解析はよく使われる解析手法ですが、正確に理解するには、まずGOそのものに関する理解が必要になります。GO Termの基本についてまとめていきます。

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

スパコンを使っていると、qsubを使ってジョブを投げることがあるのではないかと思います。このときに、ワンライナーを実行したいときなど、一回ファイル作ってからコマンドを投げるのが非常にめんどくさいことがあります。そこで、Pythonのargp...

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

salmonの出力ファイルはquant.sfですが、その加工は非常に多岐に渡り、結構難しいです。tximportで加工できる先と用途についてまとめていきたいと思います。

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

コードを書くときに書いてる言語が何なのか表示すると、見るときに便利です。CSSだけで実現できます。

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

NGSライブラリ調製の際には多様な反応が使用されている。それらのうち、知っているものについて原理をまとめていきたい。

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

httpやftpによるSRAへのデータアップロードは遅すぎるので、IBMのaspera connectを使ってデータをアップロードするやり方を使おう。

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

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