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    <title>illumination-k.dev</title>
    <updated>2026-08-13T01:40:32.295Z</updated>
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        <title type="html"><![CDATA[自己改善エージェントを多腕バンディットで解く ― Huxley-Gödel Machine を読む]]></title>
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        <updated>2026-06-06T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[自己改善コーディングエージェント Huxley-Gödel Machine を読み解く。ベンチマーク性能と自己改善能力のズレを、ツリー探索の多腕バンディット定式化と CMP 指標でどう解消するかを、インタラクティブな可視化とともに解説する。]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[Azure App Registration と Service Principal の関係を整理する]]></title>
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        <updated>2026-05-18T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[Azure ポータルの「アプリの登録」と「エンタープライズアプリケーション」が同じアプリの別ビューであることを軸に、App Registration・Service Principal・Entra ID の関係と、OAuth2/OIDC 認証フローでの使われ方を整理する。]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[LCOM（Lack of Cohesion of Methods）入門 — 主要バリアントの違いとPython簡易実装]]></title>
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        <updated>2026-04-26T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[クラスの凝集度を測るLCOMには複数のバリアントがあり、定義によって解釈が逆転する。LCOM1/2、LCOM4、LCOM96（Henderson-Sellers）の違いを整理し、ast モジュールだけで動く100行程度のPython実装で実際に値を出す。]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[mise の cargo バックエンドを aqua 経由の cargo-binstall で高速化する]]></title>
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        <updated>2026-04-17T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[mise の cargo バックエンドが cargo install でソースビルドを走らせて遅くなる問題を、aqua で cargo-binstall を先に入れて depends で宣言することで解消する。cargo-nextest などで約42倍の高速化を実測した。]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[技術ブログ記事の再現性を Nix flake で固定する]]></title>
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        <updated>2026-04-11T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[年月が経つと動かなくなる技術記事の腐敗問題に対して、記事ファイルの隣に Nix flake を置いて環境をピン留めし、記事本文からそのファイルを取り込むパターンを紹介する。]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[Bioinformaticsで使うファイルフォーマットまとめ]]></title>
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        <updated>2026-04-11T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[バイオインフォマティクスで障壁になることの1つにファイルフォーマットが多すぎるという問題があります。ツールを動かそうとするとこれとこれが必要、どうやってこの形式のファイルを作ればいいんだ、ということはよくあるので、備忘録を兼ねてよく使うフォーマットと関連ツールをまとめておきます。]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[WARC (Web ARChive) ファイルフォーマット入門]]></title>
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        <updated>2026-04-10T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[Webアーカイブの標準フォーマットであるWARC (ISO 28500) の構造とレコード型を解説し、wgetとwarcioを使った生成・読み取りの実例を紹介する。]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[GO Termに関する基礎]]></title>
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        <updated>2026-04-09T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[GO解析はよく使われる解析手法ですが、正確に理解するには、まずGOそのものに関する理解が必要になります。GO Termの基本についてまとめていきます。]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[もうライブラリ不要? 標準APIで置き換えられるnpmパッケージ総まとめ (2026年版)]]></title>
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        <updated>2026-04-06T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[axios, lodash, moment, uuid, dotenv, chalk, nodemon, ts-nodeなど、かつて必須だったnpmパッケージを標準のWeb API・Node.js組み込み機能で置き換える方法を、ブラウザとNode.jsの両面から網羅的に解説します。]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[パッケージマネージャーのサプライチェーン攻撃対策 — uv, pnpm, bun, cargo, go の比較]]></title>
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        <updated>2026-03-26T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[LiteLLMサプライチェーン攻撃を背景に、uv・pnpm・bun・cargo・goのminimumReleaseAge/exclude-newer等の防御機能を比較し、パッケージマネージャーが提供するサプライチェーンセキュリティ対策を解説します。]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[PythonのClassの生成に関してまとめてみた]]></title>
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        <updated>2026-03-25T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[PythonのClassは色々難しいので、勉強のためにまとめておきます。まずはClassの生成に関してです。__new__と__init__を中心にまとめています。]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[PythonでGO Enrichmentの結果を図示する]]></title>
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        <updated>2026-03-25T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[RにはGO Enrichmentの結果をいい感じに図示してくれるライブラリがいくつかありますが、Pythonにはありません。基本的なプロットからsemantic similarityを利用したheatmap・MDS scatter・ネットワーク・treemapまで、似たような図の作成方法をまとめます。]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[Mutation Testing サーベイ — Go, Rust, Python, TypeScript の主要ツール比較]]></title>
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        <updated>2026-03-23T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[Go, Rust, Python, TypeScriptにおけるmutation testingツールを比較し、各言語での導入方法・テストフレームワーク連携・差分ベースの最適化手法を解説します。]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[Azure App Service機能まとめ: ティア別機能・デプロイスロット・サイドカー・Azure連携]]></title>
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        <updated>2026-03-21T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[Azure App Serviceの料金ティアごとの機能差、デプロイスロットによるゼロダウンタイムデプロイやPRプレビュー、サイドカーコンテナのアーキテクチャ、Key Vault・Storage・VNetなど他Azureサービスとの連携を整理]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[Azure Application Insights実例サーベイ: 監視設計・KQL活用・コスト最適化の実践パターン]]></title>
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        <updated>2026-03-21T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[Azure Application Insightsの実際の活用パターンを調査・整理。OpenTelemetryベースのセットアップ、KQLクエリによる障害分析、分散トレーシング、サンプリングによるコスト最適化まで、実例ベースで解説]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[Python・JavaScript・Rust・Go・Rの標準ソートアルゴリズム比較]]></title>
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        <updated>2026-03-21T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[主要プログラミング言語5つの標準ライブラリで採用されているソートアルゴリズムを比較。Timsort、Powersort、driftsort、pdqsortなど、近年の大きなアップデートも含めて解説します。]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[10x Genomics scRNAseq のライブラリ調整]]></title>
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        <updated>2024-11-23T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[この記事は、single-cell RNA-seq（scRNA-seq）のライブラリ調整手法を解説し、特に10x Genomicsのプロセスを詳述し、解析への基礎知識を提供します。]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[Windows(Powershell)でpecoを使ってみる (履歴のインクリメンタルサーチ)]]></title>
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        <updated>2024-10-27T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[Powershellでpecoを使って履歴をインクリメンタルサーチしてみます。]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[Pydantic-settingsでCLIアプリケーションを作成できる話]]></title>
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        <updated>2024-10-14T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[pydantic-settings を使用することで、簡単に型安全で保守性の高いCLIアプリケーションを作成できます。]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[DBの正規化を実践を通して学ぶ]]></title>
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        <updated>2024-10-06T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[正規化をSQLを使って、第一正規形から第三正規形までのデータベース設計を説明します。また、ボイスコッド正規形による第三正規形の更新時異常の排除と関数従属性の損失についても説明します。]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[UniprotのID mapping APIを利用した遺伝子IDの変換]]></title>
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        <updated>2024-09-28T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[遺伝子やタンパク質に関連する多様なデータベース間でのID変換方法を解説します。特に、UniprotのID Mappingサービスを使えば、Uniprot IDからEnsembl ID、NCBIのEntrez IDなど、主要なデータベース間での変換が簡単に行えます。APIも提供されているため、スクリプトやプログラムでの自動化も可能です。さらに、APIの利用方法や実際のコマンド例についても触れています。
このページでは、IDマッピングの手順を詳しく説明し、実際のコマンド例を含めた具体的な手順を紹介しています。APIを用いたプロセスをステップごとに説明しており、UniprotKBからUniRefへの変換、Ensemblへの変換例を取り上げています。]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[PostgresのSerial型のPrimary keyの挙動について]]></title>
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        <updated>2024-09-25T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[PostgreSQLでERROR: duplicate key value violates unique constraintエラーが発生する原因の1つとして、Serial型のPrimary keyに手動で値を割り当てた際にシーケンスが正しく更新されないことがあります。これは、Default値であるnextvalが呼び出されないことによって起こります。この問題を解決するためには、テーブルのPrimary keyの現在の最大値をシーケンスオブジェクトに設定する必要があります。具体的な手順としては、setval関数を使用してシーケンスオブジェクトの値を調整することで、INSERT操作が正しく実行されるようになります。]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[React + Vite + Typescriptでchrome extensionを開発する]]></title>
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        <updated>2024-09-23T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[React + Vite + Typescriptでchrome extensionを作成するためのテンプレートを作成しました。依存は基本的にこれらだけで、すぐに開発を進められるように設定してあります。]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[pagefindを使って全文検索エンジンをNext.jsのSSGブログに導入する]]></title>
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        <updated>2024-09-23T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[このブログ記事では、PagefindというWeb上で動作する軽量な全文検索エンジンを、Next.jsのSSG（静的サイト生成）に導入する方法を紹介しています。Pagefindは日本語にも限定的に対応しています。具体的なセットアップ手順や、検索コンポーネントの実装方法、検索結果を型安全に取得するためのコード例について説明します。]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[JAM StackなBlogをモダン技術で再作成した話]]></title>
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        <updated>2023-03-27T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[古いブログを最近の技術で再構築した際に使用した技術についての比較記事です。過去のブログの技術構成と、新しいブログで使用した技術の選択理由と採用しなかった技術について詳しく説明しています。]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[JavascriptのClassをShallow Copyする]]></title>
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        <updated>2022-08-19T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[JavascriptのclassをReactで使いたいときのuseStateなどを扱う際に便利なので、Shallow Copyのやり方をまとめる]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[amp-listを使ってNext.jsの静的サイトに他のブログ記事への誘導をランダムでつける]]></title>
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        <updated>2022-08-19T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[ブログでよくある、関係のある記事をランダムで記事の一番下につけるために、Next.jsでAPIを実装したあと、amp-listを使って動的にそれらを作成します。]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[Matploblibでよくやるけどよく忘れることまとめ]]></title>
        <id>https://illumination-k.dev/ja/techblog/post/fbee489f-126d-4947-8391-346044211d7c</id>
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        <updated>2022-08-08T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[個人的にMatploblibでよく使うけど毎回探しに行っていることをまとめておく]]></summary>
    </entry>
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        <title type="html"><![CDATA[SQLAlchemy + mypy + pytestの環境を整える]]></title>
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        <updated>2022-08-08T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[SQLAlchemyは素晴らしいORMですが、`django`等と違ってテストや、migrationは自分でセットアップする必要があります。この記事では、alembic, pytest, mypyを使った環境をセットアップします。]]></summary>
    </entry>
    <entry>
        <title type="html"><![CDATA[matplotlibでcolorbarのみplotし、ある値がどの色になるのか判定する]]></title>
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        <updated>2022-06-12T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[matplotlibを使っていて、colorbarだけ作りたいとき、そして作ったcolorbarに対して、ある値がどの色になるのか知りたい、というニッチな状況への対応策]]></summary>
    </entry>
    <entry>
        <title type="html"><![CDATA[Pythonでビースウォーム(beeswarm)プロットを使ってみる]]></title>
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        <updated>2022-06-12T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[統計要約量とかを特に考慮せずに、ただデータを概観したいということがあると思います。データの分布を概観するときには、ビースウォームプロットが便利です。seabornを使うことでPythonでもビースウォームプロットを簡単に使えます。]]></summary>
    </entry>
    <entry>
        <title type="html"><![CDATA[JSONで画像をやりとりする python <-> JavaScript (React)]]></title>
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        <updated>2022-06-12T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[Python、特にmatplotlibで作成したPNGファイルをJSONにSerializeしてフロントエンド側に送りたいときにどうすればいいのかについて]]></summary>
    </entry>
    <entry>
        <title type="html"><![CDATA[Phylogenetic Analysisに関するまとめ]]></title>
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        <updated>2022-06-12T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[Phylogenetic Analysis各種ステップのAlignment, Trim, Model選択, Tree Constructionに関する情報、ツールに関してまとめ]]></summary>
    </entry>
    <entry>
        <title type="html"><![CDATA[Rustで高速にsliceの一部をCloneする]]></title>
        <id>https://illumination-k.dev/ja/techblog/post/8ec82480-1a64-410f-b734-a2c82a51ba16</id>
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        <updated>2022-06-04T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[Rustで配列をコピーしたいとき、実際問題何をするのが早いのかという話です。結論だけ書いておくと、`clone_from_slice`を使えばいいはずです。]]></summary>
    </entry>
    <entry>
        <title type="html"><![CDATA[Actix-Web + Diesel + PostgresでCRUDしてみた]]></title>
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        <updated>2022-05-20T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[Actix-webを使ってみたかったので、DieselのGetting StartをActix-webで実装しました。]]></summary>
    </entry>
    <entry>
        <title type="html"><![CDATA[Markdownの中のコードをフォーマットするツールを作った]]></title>
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        <updated>2022-05-20T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[Markdown内のコードをフォーマットしたいので、作りました。]]></summary>
    </entry>
    <entry>
        <title type="html"><![CDATA[Excvrとrust-analyzerでJupyterでRust]]></title>
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        <updated>2022-05-20T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[RustでJupyter環境を構築して、rust-analyzerで補完できるようにします。]]></summary>
    </entry>
    <entry>
        <title type="html"><![CDATA[Github Actionsとcrossを使ってReleaseでクロスコンパイルしてバイナリをアップロードする]]></title>
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        <updated>2022-05-20T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[Github Actionsとcrossを使ってReleaseでクロスコンパイルしてバイナリをアップロードする]]></summary>
    </entry>
    <entry>
        <title type="html"><![CDATA[macroを使ってopを実装する]]></title>
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        <updated>2022-05-20T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[構造体に対して演算子を実装するときに、マクロを使わないとすごく長くなるのでマクロの使い方についてまとめておく。]]></summary>
    </entry>
    <entry>
        <title type="html"><![CDATA[RustでLinkedListを実装してみた]]></title>
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        <updated>2022-05-20T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[RustでLinkedListを実装してみました。]]></summary>
    </entry>
    <entry>
        <title type="html"><![CDATA[Rustのデータフレームcrateのpolarsとpandasの比較]]></title>
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        <updated>2022-05-20T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[rustにも実はpandas likeなcrateがあることを知ったのでpandasとの対応関係をまとめてた。最善である保証はありません。]]></summary>
    </entry>
    <entry>
        <title type="html"><![CDATA[Rust Tips]]></title>
        <id>https://illumination-k.dev/ja/techblog/post/a7bc2978-62bd-46da-849b-1296f1224077</id>
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        <updated>2022-05-20T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[rustで覚えておきたいことのメモ]]></summary>
    </entry>
    <entry>
        <title type="html"><![CDATA[DjangoでPylanceがimportを解決しない問題の対処法]]></title>
        <id>https://illumination-k.dev/ja/techblog/post/e3ab21c6-87bd-48cd-a011-c925b423164f</id>
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        <updated>2022-05-20T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[Pylanceは非常に優れたコーディング支援拡張機能ですが、importがよく解決されなくて困っていました。小規模開発のときはまあいいか、と思ったりするのですが、djangoとかで解決されないと結構手間なので、解決法を調べたら解決したので書いておきます。]]></summary>
    </entry>
    <entry>
        <title type="html"><![CDATA[Pythonでupsetplotを使う]]></title>
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        <updated>2022-05-20T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[集合関係の包含関係を示すとき、ベン図より使いやすいことのあるupset plotをPythonで使用するやり方です]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[知っておくと便利なbash知識]]></title>
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        <updated>2022-05-20T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[知っておくと便利そうなbash知識をまとめていきます。]]></summary>
    </entry>
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        <title type="html"><![CDATA[bashのPermission関連についてのまとめ]]></title>
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        <updated>2022-05-20T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[bashのPermission関連について、すぐ忘れてしまうのでまとめておきます。]]></summary>
    </entry>
    <entry>
        <title type="html"><![CDATA[Gitに関するスクラップ]]></title>
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        <updated>2022-05-20T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[Gitに関してコマンドをよく忘れるのでメモ]]></summary>
    </entry>
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        <title type="html"><![CDATA[便利なWebサービスについてのまとめ]]></title>
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        <updated>2022-05-20T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[プログラミングの勉強や開発する時に便利なWebサービスについてまとめていきます。]]></summary>
    </entry>
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        <title type="html"><![CDATA[WSL2を少しだけ快適にするTips]]></title>
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        <updated>2022-05-20T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[WSL2をもう少しだけ快適に使うためのTips]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[CSSでコードブロックの右上に言語名を表示する]]></title>
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        <updated>2022-05-20T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[コードを書くときに書いてる言語が何なのか表示すると、見るときに便利です。CSSだけで実現できます。]]></summary>
    </entry>
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        <title type="html"><![CDATA[JavaScriptでのrandomに関するまとめ]]></title>
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        <updated>2022-05-20T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[JavaScriptのランダムは非常に使い勝手が悪いので選択肢とか、よく使う関数などのまとめです。]]></summary>
    </entry>
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        <title type="html"><![CDATA[Next.jsでブログを作ってみた]]></title>
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        <updated>2022-05-20T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[Wordpressでブログを作っていたが、パフォーマンスが遅いのでNext.jsで作り直した。ほしい要件、使うフレームワークの選定など。]]></summary>
    </entry>
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        <title type="html"><![CDATA[MDX or Markdown ?]]></title>
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        <updated>2022-05-20T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[ブログ記事を書くのに、MDXを使うのか、Markdownを使うのか]]></summary>
    </entry>
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        <title type="html"><![CDATA[Next.jsで作ったブログにStyleを適用していく]]></title>
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        <updated>2022-05-20T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[Wordpressでブログを作っていたが、パフォーマンスが遅いのでNext.jsで作り直した。markdwonでレンダリングできるようになったので、Styleを適用していく。]]></summary>
    </entry>
    <entry>
        <title type="html"><![CDATA[Next.jsでカスタムローダーを使ってmdxをAMP対応させる]]></title>
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        <updated>2022-05-20T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[Wordpressでブログを作っていたが、パフォーマンスが遅いのでNext.jsで作り直した。mdxをレンダリングするときに使うカスタムローダーを自作してAMP対応させる話。]]></summary>
    </entry>
    <entry>
        <title type="html"><![CDATA[Next.jsで作ってみたブログに検索機能を導入する]]></title>
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        <updated>2022-05-20T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[Next.jsで作ってみたブログに形態素解析とflexsearchで検索機能を導入する]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[next.jsで作ってみたブログにamp-sidebarを導入する]]></title>
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        <updated>2022-05-20T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[next.jsで作ってみたブログにtypescriptとmaterial-uiと一緒にamp-sidebarを導入してみた。]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[Next.jsで作ったブログをAMPとPWAに対応させる]]></title>
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        <updated>2022-05-20T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[Next.jsで作ったAMPオンリーのブログをPWAにも対応させてみた。]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[material-uiに関するスクラップ]]></title>
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        <updated>2022-05-20T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[material-uiに関するスクラップ]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[next.config.jsで設定することのまとめ]]></title>
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        <updated>2022-05-20T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[next.jsを使っているとnext.config.jsを使って設定をカスタマイズすることが多いです。next.config.jsで設定できることと、その設定の仕方についてまとめておきます。]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[Next.jsをCloudbuildでGAEにデプロイ]]></title>
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        <updated>2022-05-20T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[Next.jsをGoogle App Engine上にCloudBuild経由でデプロイするまで]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[Prisma + Next.jsでシンプルなCRUD APIを作成する]]></title>
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        <updated>2022-05-20T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[O/Rマッパとしてprismaを使用して、簡単なCRUDをNext.jsと一緒に作成します。]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[plotly.jsのbundle sizeを削減する]]></title>
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        <updated>2022-05-20T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[plotlyはJavascriptだけでなくPythonやRでも使われている非常に利便性の高いライブラリです。しかし、フロントエンドで使うにはバンドルサイズが大きすぎるという問題があります。plotlyのバンドルサイズの削減方法と、react-plotly.jsでの適用方法をまとめておきます。]]></summary>
    </entry>
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        <title type="html"><![CDATA[React + useContext + TypescriptでDI]]></title>
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        <summary type="html"><![CDATA[ReactでDIみたいなことをuseContextを使ってやるときに、型安全にできるようにするための方法]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[自分専用のTODOアプリを作る]]></title>
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        <updated>2022-05-20T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[世の中にはたくさんのTODOアプリが溢れていますが、自分がやりたいことをすべてできるアプリはありませんでした。じゃあ作ってみよう、という話です。]]></summary>
    </entry>
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        <title type="html"><![CDATA[NGSライブラリ調製の時に使用される反応まとめ]]></title>
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        <updated>2022-05-20T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[NGSライブラリ調製の際には多様な反応が使用されている。それらのうち、知っているものについて原理をまとめていきたい。]]></summary>
    </entry>
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        <title type="html"><![CDATA[NGS解析に関するまとめ]]></title>
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        <updated>2022-05-20T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[次世代シーケンサーの解析って言ってもピンとこない人が多いような気がするので、知識の整理も兼ねてその辺から軽く書いていこうと思います。生物わかんない人にわかるように頑張ろうと思います。]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[ライブラリ調整とシーケンスの基本について]]></title>
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        <updated>2022-05-20T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[次世代シーケンサー(NGS)解析技術の発展に伴い、比較的安価にシーケンスを行うことができるようになってきています。NGS解析を行うにあたって重要なライブラリ調整の原理と、シーケンサーの挙動についてまとめていきます。]]></summary>
    </entry>
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        <title type="html"><![CDATA[CellRangerでSTARのパラメータを変更する]]></title>
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        <updated>2022-05-20T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[single cell RNA-seqを知ってる人ならまず知っているであろう、Cell Ranger。使ったことがなかったんですが、ちょっと使ってみようかなと思いました。しかし、これ内部的にはSTARを使ってマッピングするんですが、STARのパラメーターを引数でとれない、という問題（誰も問題にしていない）があります。公式の解答としては、自分でビルドしてね、責任は持たないけど、ってことらしいです。]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[GATK4をsplit intervalを使って高速化する]]></title>
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        <updated>2022-05-20T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[GATK4は実行に時間がかかるツールですが、マシンパワーさえあればsplit intervalを使って高速化できます。interval listについては日本語文献が見つからなかったのでまとめておきます。]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[gatk4のRNA-seq bestpractice]]></title>
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        <updated>2022-05-20T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[genomic sequenceと少しRNA-seqのパイプラインは違うので、bestpracticeをbashで実行するメモ]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[深層学習ベースのGO termアノテーションを試してみる]]></title>
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        <updated>2022-05-20T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[自然言語処理技術では深層学習技術が非常に良い成果をあげています。タンパク質配列からGO Termなどのアノテーション行い、機能を推定する方法として、これまでの多くはBLASTなどの相同性検索を用いていました。最近では、いくつかのツールが深層学習ベースで機能予測を行っています。今回はdeepgoplusを試してみることにします。]]></summary>
    </entry>
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        <title type="html"><![CDATA[区間に関するクエリ]]></title>
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        <updated>2022-05-20T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[区間に関するクエリを行うためのツールやデータ構造に関するメモ]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[MUSCLE + trimal + RAxML-ng-mpiを使って最尤法で系統解析]]></title>
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        <summary type="html"><![CDATA[遺伝子の機能や、進化を考察する上でタンパク質を用いた系統解析は重要な解析手法の一つとして知られている。今回は、MUSCLEを用いてマルチプルアラインメントを作成し、非保存領域をTrimAlで除去したあと、RAxMLを用いて最尤法によって系統解析を行う。]]></summary>
    </entry>
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        <title type="html"><![CDATA[コマンドをqsubで直接ジョブに投げられるようにする]]></title>
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        <summary type="html"><![CDATA[スパコンを使っていると、qsubを使ってジョブを投げることがあるのではないかと思います。このときに、ワンライナーを実行したいときなど、一回ファイル作ってからコマンドを投げるのが非常にめんどくさいことがあります。そこで、Pythonのargparseとsubprocessを使って擬似的にコマンドからジョブを投げられるようにしました。]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[Rustでfastq/fastq.gzを読み書きする]]></title>
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        <summary type="html"><![CDATA[rust-bioを使ってfastq/fastq.gzを読み書きします。]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[salmonの出力ファイルをtximportで加工する]]></title>
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        <updated>2022-05-20T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[salmonの出力ファイルはquant.sfですが、その加工は非常に多岐に渡り、結構難しいです。tximportで加工できる先と用途についてまとめていきたいと思います。]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[SRAからfastqをダウンロードする時の関連知識]]></title>
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        <updated>2022-05-20T00:00:00.000Z</updated>
        <summary type="html"><![CDATA[SRAからfastqファイルをダウンロードする時の関連知識]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[SRAにAsperaを使ってデータをアップロードする]]></title>
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        <summary type="html"><![CDATA[httpやftpによるSRAへのデータアップロードは遅すぎるので、IBMのaspera connectを使ってデータをアップロードするやり方を使おう。]]></summary>
    </entry>
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        <title type="html"><![CDATA[AWSでElastic IPアドレスを開放していなかったばっかりに損した話]]></title>
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        <summary type="html"><![CDATA[AWS使って遊び終わったあと放置していると請求が来るという怖い話]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[FastAPI + SQLAlchemy (Postgres) でHerokuにデプロイ]]></title>
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        <summary type="html"><![CDATA[思ったよりFastAPI、PostgresでHerokuにデプロイするということにだけ焦点を当てた記事が見つからなかったので書いておきました。]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[SQLに関するメモ書き]]></title>
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        <summary type="html"><![CDATA[SQLに関するメモ]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[bit全探索を理解するために]]></title>
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        <summary type="html"><![CDATA[bit全探索が何をやっているのか理解するのが難しかったので、何が起こっているのかをまとめた]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[競技プログラミングに関するメモ]]></title>
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        <summary type="html"><![CDATA[競技プログラミングに関する自分用のメモ]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[RustでDFSとDFS木]]></title>
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        <summary type="html"><![CDATA[rustで木上のDFSとDFS木]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[平面上でのダイクトストラ (rust)]]></title>
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        <summary type="html"><![CDATA[二次元平面上でダイクトストラやりたいってときのための覚書]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[イベントソート]]></title>
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        <summary type="html"><![CDATA[イベントソートの自分なりの解釈]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[包除原理とオイラー関数について]]></title>
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        <summary type="html"><![CDATA[包除原理とその実装、オイラー関数に関するメモ]]></summary>
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        <title type="html"><![CDATA[Manhattan Distance Memo]]></title>
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        <summary type="html"><![CDATA[マンハッタン距離に関するメモ]]></summary>
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