Rustのデータフレームcrateのpolarsとpandasの比較

published: 2021/1/9 update: 2021/12/14

TL;DR

rustにも実はpandas likeなcrateがあることを知ったのでpandasとの対応関係をまとめてた。最善である保証はありません。またVersionごとに破壊的変更がそこそこあるので、Versionに注意する必要があります。

これを使えば大きなファイルを素早く処理できる可能性がありますが、さすがにrustなのでお手軽感はあまりありませんでした。

excvrを使えばJupyter上で動かせます。Jupyter labを使うとPythonとRustの比較が非常にやりやすくて良かったです。

ただ補完や型の推測が効かないので少し困りました。rust-analyzer対応もしてみました。補完は効くようになりましたが、やはりVSCodeなどに比べると微妙。
サンプルノートブックはこちら。docker-composeで起動できます。

polars

Apache Arrowsをベースにしたデータフレームライブラリ。なんかpy-polarsみたいなのもあって、pandasより速いらしい。polarsのgithubのREADMEにベンチマークテストがある。使い勝手としてはどちらかといえばRのtidyverseに似ている気がする。

ChunkedArray

多分特徴的なのが、Seriesから変換できるChunkedArrayという構造体を持つ点。ChunkedArrayは型があるので様々な演算ができる。また、条件をつかった列選択する際にはChunckedArray<BooleanType>を使う必要がある。

Install

featureを選ぶことで、日付変換やndarrayへの変換、ランダムサンプリングなどに対応できる。今回はndarrayとランダムサンプリングを試してみる。あとエラーハンドリングにanyhowを入れておく。

[dependencies]
anyhow = "1.0"
polars = { version = "0.18.0", features = ["ndarray", "random"] }

Jupyterを使う場合は、

:dep polars = { version = "0.18.0", features = ["ndarray", "random"]}

Rustのバージョンは1.52以上が必要です。

pandasはお好みのパッケージ管理ツールでインストールしてください。

rust側は下記のtodo!()部分に相当する場所を書いているつもりです。

use polars::prelude::*;
use anyhow::Result;

fn main() -> Result<()> {
    todo!();
    Ok(())
}

Python側も下記のimportを行っている前提です。

import pandas as pd
print(pd.__version__)
# 1.3.4

SeriesとDataFrameとChunkedArrayの演算

非常に長いので畳んである。ChunkedArrayは大抵の演算ができる。Seriesの比較は条件による行選択の際に必要なので見ておくとよいです。

c1.lt(c2);

Seriesの作成

nameは任意。

s = pd.Series([1, 2, 3], name="s")

newを使う場合は名前指定が必須です。collectのときは空文字列が名前になります。

let s = Series::new("s", [1, 2, 3]);
let t: Series = [1, 2, 3].iter().collect();

DataFrameの作成

df = pd.DataFrame({
    "A": ["a", "b", "a"],
    "B": [1, 3, 5],
    "C": [10, 11, 12],
    "D": [2, 4, 6]
})

マクロが便利です。

let s = 
let mut df = df!("A" => &["a", "b", "a"],
             "B" => &[1, 3, 5],
             "C" => &[10, 11, 12],
             "D" => &[2, 4, 6]
    )?;

列選択

df["A"]
df[["A", "B"]]

selectで選ぶと、Result<DataFrame>が返ってきます。

df.select("A")?;
df.select(("A", "B"))?;
df.select(vec!["A", "B", "C"])?;

columnで選ぶと、Result<Series>が返ってきます。

df.column("A")?;

条件に応じた列選択

どちらもcolumnsをとってきてfilterなりなんなりをすればよい。多分strメソッドを使うのがpandasっぽくて好きです。 Rustはget_columnsでcolumnsをもって来ることができます。もう少し何とかならないかな...

df.loc[:, [c.startswith("A") for c in df.columns]]
df.loc[:, df.columns.str.startswith("A")]

df.select(&df.get_column_names()
            .iter()
            .filter(|x| x.starts_with("A"))
            .map(|&x| x)
            .collect::<Vec<&str>>()
        )?;

列の入れ替え

df[["B", "A"]]

df.select(("B", "A"))?;

列追加

df["E"] = df["B"] * 2
df["F"] = df["B"].map(lambda x: x * 2)
df = df.assign(G = lambda df: df.B * 2)

polarsのcolumの追加はwith_column関数やreplace_or_add関数で行える。
assignみたいないい感じの関数が見つからなかった。四則演算や簡単な演算はSeriesにして計算すればいける。to_owned()2回やってるの解消できる気がするけどできなかった。
無名関数を使いたい際には、一端ChunkedArrayに変換してからapplyやmapを使う。Seriesは型を持たないが、ChunkedArrayは型があるので演算ができる。
DataFrame構造体にはapplyが存在しているが、&mut selfなので、本体が変わってしまう。なのでselectかcloneしてからみたいな処理になるけどどっちが早いのだろうか。

df.with_column(df.column("B").unwrap()
                .i32().unwrap()
                .apply(|x| x * 2)
                .into_series()
                .rename("E")
                .to_owned());
df.with_column(Series::new("F", &[2, 6, 10]));
df.with_column(df.select("B").unwrap()
                 .rename("B", "G").unwrap()
                 .apply("G", |x| x * 2).unwrap()
                 .column("G").unwrap()
                 .to_owned());

df.with_column(df.column("B").unwrap().to_owned().rename("H").to_owned() * 2);
df.replace_or_add("I", Series::new("I", &[2, 6, 10])).unwrap();

条件による行選択

単独条件

df.loc[df["B"] <= 4]
df.query("B <= 4")

df.filter(&df.column("B")?.lt_eq(4))?;

複数条件

df.loc[(df["B"] == 1) | (df["C"] == 12)]
df.query("B == 1 | C == 12")

ChunkedArrayはbit演算ができます。

df.filter(&(
    df.column("B")?.eq(1)? | df.column("C").eq(12)?
))

含まれているかなどの演算

l = [1, 3]
df.query("B in @l")

たぶんChunkedArrayに変換してやる方法しか見つかりませんでした。applyはSelfを返すので、ChunkedArray<Int32Type>からChunkedArray<BooleanType>に変換はできない。なので、mapを使った後collectする必要がある。

let v: Vec<i32> = vec![1, 2];
let mask: ChunkedArray<BooleanType> = df.column("B").unwrap().i32()
            .unwrap().into_iter().map(|x| v.contains(&x.unwrap())).collect();
df.filter(&mask)

GroupBy

Groupby用にデータフレームを準備する。

dates = [
"2020-08-21",
"2020-08-21",
"2020-08-22",
"2020-08-23",
"2020-08-22",
]

temp = [20, 10, 7, 9, 1]
rain = [0.2, 0.1, 0.3, 0.1, 0.01]

d = dict(
    date=dates,
    temp=temp,
    rain=rain
)

df = pd.DataFrame.from_dict(d)

// docs example

let dates = &[
"2020-08-21",
"2020-08-21",
"2020-08-22",
"2020-08-23",
"2020-08-22",
];
// date format
let fmt = "%Y-%m-%d";
// create date series
let s0 = DateChunked::parse_from_str_slice("date", dates, fmt)
        .into_series();
// create temperature series
let s1 = Series::new("temp", [20, 10, 7, 9, 1].as_ref());
// create rain series
let s2 = Series::new("rain", [0.2, 0.1, 0.3, 0.1, 0.01].as_ref());
// create a new DataFrame
let df = DataFrame::new(vec![s0, s1, s2]).unwrap();
println!("{:?}", df);

// shape: (5, 3)
// +--------------+------+------+
// | date         | temp | rain |
// | ---          | ---  | ---  |
// | date32(days) | i32  | f64  |
// +==============+======+======+
// | 2020-08-21   | 20   | 0.2  |
// +--------------+------+------+
// | 2020-08-21   | 10   | 0.1  |
// +--------------+------+------+
// | 2020-08-22   | 7    | 0.3  |
// +--------------+------+------+
// | 2020-08-23   | 9    | 0.1  |
// +--------------+------+------+
// | 2020-08-22   | 1    | 0.01 |
// +--------------+------+------+

build-inの演算

polarsでは

• count
• first
• last
• sum
• min
• max
• mean
• median
• var
• std
• count
• quantile
• n_unique

ができる。使い方は

1. 特定の列でGroupby
2. 演算したい列を指定 (指定なしなら全部)
3. 演算

単一の演算

df.groupby("date").var()
df.groupby("date")[["temp"]].sum()

df.groupby("date").unwrap().var();
df.groupby("date").unwrap().select("temp").sum();

複数の演算

import numpy as np
df.groupby("date").agg({"temp": [np.mean, np.var], "rain": [np.std]})

df.groupby("date").unwrap()
    .agg(&[("temp", &["sum", "min"]), ("rain", &["count", "first"])])

任意の演算

df.groupby("date").apply(lambda x: print(x))

applyの返り値はResult<DataFrame>である必要がある。

df.groupby("date").unwrap()
    .apply(|x| { println!("{:?}", x); Ok(x)});

hstack, vstack (concat)

pandasのconcat。pandasのstackとは機能が違うので注意が必要。pandasは合わない行があればNaNで埋めるがpolarsはエラーする。

データフレームを準備する。

df1 = pd.DataFrame({"A": [1, 2, 3], "B": [2, 3, 4]})
df1_t = pd.DataFrame({"A": [4, 5, 6], "B": [5, 6, 7]})
df2 = pd.DataFrame({"C": ["a", "b", "c"], "D": [0.1, 0.2, 0.3]})
s1 = pd.Series([10, 11, 12], name="s1")
s2 = pd.Series(["ABC", "NMK", "XYZ"], name="s2")

let df1 = df!(
    "A" => &[1, 2, 3],
    "B" => &[2, 3, 4]
).unwrap();

let df1_t = df!(
    "A" => &[4, 5, 6],
    "B" => &[5, 6, 7]
).unwrap();


let df2 = df!(
    "C" => &["a", "b", "c"],
    "D" => &[0.1, 0.2, 0.3]
).unwrap();

let s1 = Series::new("S1", [10, 11, 12]);
let s2 = Series::new("S2", ["ABC", "NMK", "XYZ"]);

hstack

pd.concat([df1, s1, s2], axis=1)
pd.concat([df1, df2], axis=1)

df1.hstack(&[s1, s2])
// 無理やりデータフレーム同士をしようと思えばできる。
let s_vec: Vec<Series> = df2.iter().map(|s| s.clone()).collect();
df1.hstack(&s_vec)

vstack

pd.concat([df1, df2]) # 列名が違うところはNaNで埋められる。
pd.concat([df1, df1_t])

df1.vstack(&df2) // error
df1.vstack(&df1_t)

Join

pandasはDataframeのjoinメソッドもありますが、mergeのほうがよく使うのでこちらで。

df1 = pd.DataFrame({
    "Fruit": ["Apple", "Banana", "Pear"],
    "Origin": ["America", "Hawai", "Italy"],
    "Phosphorus (mg/100g)": [11, 22, 12]
})

df2 = pd.DataFrame({
    "Name": ["Apple", "Banana", "Pear"],
    "Origin": ["France", "Hawai", "Italy"],
    "Potassium (mg/100g)": [107, 358, 115]})

pd.merge(
    df1, df2, 
    left_on="Fruit", right_on="Name", 
how="inner")

pd.merge(
    df1, df2, 
    left_on=["Fruit", "Origin"], right_on=["Name", "Origin"], 
    how="outer"
)

pd.merge(
    df1, df2, 
    left_on="Origin", right_on="Origin", 
    how="left"
)

polarsでは、Dataframeのjoinメソッドが使えます。inner_join, left_join, outer_joinはjoinのラッパーです。 引数のS: Selectionは&strと、&[&str], Vec<&str>あたりを取れます。

let df1: DataFrame = df!("Fruit" => &["Apple", "Banana", "Pear"],
                         "Origin" => &["America", "Hawai", "Italy"],
                         "Phosphorus (mg/100g)" => &[11, 22, 12]).unwrap();
let df2: DataFrame = df!("Name" => &["Apple", "Banana", "Pear"],
                         "Origin" => &["France", "Hawai", "Italy"],
                         "Potassium (mg/100g)" => &[107, 358, 115]).unwrap();

// df1.inner_join(&df2, "Fruit", "Name")
df1.join(&df2, "Fruit", "Name", JoinType::Inner, None)

// df1.outer_join(&df2, &["Fruit", "Origin"], &["Name", "Origin"])
df1.join(&df2, &["Fruit", "Origin"], &["Name", "Origin"], JoinType::Outer, None)

// df1.left_join(&df2, "Origin", "Origin")
df1.join(&df2, "Origin", "Origin", JoinType::Left, None)

注意点

pandasとpolarsの異なる点として、完全に要素が一致のcolumnがどうなるかの挙動が変わります。 polarsでは、列名が異なっていても左側の列名で統合されます。pandasのmergeでは列名が異なっていれば、要素が同じでも統合はされません。

重複行の抽出

df.loc[df.duplicated()]

df.filter(&df.is_duplicated()?)?;

重複行の削除

両方ともsubsetを選ぶことで、同じように特定の列の重複行を削除できる。

df.drop_duplicates()

df.drop_duplicates(true, None)? // maintain_order, subset;

numpy / ndarrayへの変換

df.values

型を指定する必要があります。

df.to_ndarray<T>()?;

io

csvはdefaultで読むことができます。featuresを指定することで、json, parquet, ipcなども読むことができるようになります。

read csv

csv以外ならsep = "\t"とかしてください。

df = pd.read_csv(path)

csv以外ならwith_delimiterの引数を好きに変えてください。なくても動きます。

あとparalellのfeatureがあると、daskみたいな感じでCPUの上限コア数を使って読み込みます。いやな場合は、.with_n_threads(Some(2))とかしてください。with_n_threadsはfrom_pathを使ってCsvReaderを作った時しか使えないようです。

let df = CsvReader::from_path(path)?
        .infer_schema(None)
        .with_delimiter(b',')
        .has_header(true)
        .finish()?

write csv

readと同様。

df.to_csv(path)

let mut f = std::fs::File::create(path)?;
CsvWriter::new(&mut f)
    .has_headers(true)
    .with_delimiter(b',')
    .finish(df)?;

TODO

• pivot
• melt
• fillna系
• sample_n
• io系

気長に埋めていきます。

感想

できることは多い感じがします。pandasみたいに柔軟な処理をする用途では使いにくそうですが、決まりきった処理ならpolarsで記述すると生産効率向上に寄与する可能性があります。