Recent Posts: bioinformatics

salmonの出力ファイルはquant.sfですが、その加工は非常に多岐に渡り、結構難しいです。tximportで加工できる先と用途についてまとめていきたいと思います。

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

httpやftpによるSRAへのデータアップロードは遅すぎるので、IBMのaspera connectを使ってデータをアップロードするやり方を使おう。

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

SRAからfastqファイルをダウンロードする時の関連知識

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

single cell RNA-seqを知ってる人ならまず知っているであろう、Cell Ranger。使ったことがなかったんですが、ちょっと使ってみようかなと思いました。しかし、これ内部的にはSTARを使ってマッピングするんですが、STAR...

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20