genomic sequenceと少しRNA-seqのパイプラインは違うので、bestpracticeをbashで実行するメモ
published: 2020/9/9 update: 2022/4/12
遺伝子の機能や、進化を考察する上でタンパク質を用いた系統解析は重要な解析手法の一つとして知られている。今回は、MUSCLEを用いてマルチプルアラインメントを作成し、非保存領域をTrimAlで除去したあと、RAxMLを用いて最尤法によって系統...
published: 2020/9/9 update: 2022/4/12
バイオインフォマティクスをしていて、障壁になることの1つにファイルフォーマットが多すぎる、という問題があると思います。ツールを動かそうとするとこれとこれとこれが必要となって、どうやってこの形式のファイルを作ればいいんだ？ということはよくあり...
published: 2020/9/7 update: 2022/4/12
SRAからfastqファイルをダウンロードする時の関連知識
published: 2021/11/16 update: 2022/4/12
httpやftpによるSRAへのデータアップロードは遅すぎるので、IBMのaspera connectを使ってデータをアップロードするやり方を使おう。
published: 2021/9/11 update: 2022/4/12
salmonの出力ファイルはquant.sfですが、その加工は非常に多岐に渡り、結構難しいです。tximportで加工できる先と用途についてまとめていきたいと思います。
published: 2021/1/19 update: 2022/4/12
スパコンを使っていると、qsubを使ってジョブを投げることがあるのではないかと思います。このときに、ワンライナーを実行したいときなど、一回ファイル作ってからコマンドを投げるのが非常にめんどくさいことがあります。そこで、Pythonのargp...
published: 2020/9/10 update: 2022/4/12
Wordpressでブログを作っていたが、パフォーマンスが遅いのでNext.jsで作り直した。ほしい要件、使うフレームワークの選定など。
published: 2020/9/7 update: 2022/4/12
Wordpressでブログを作っていたが、パフォーマンスが遅いのでNext.jsで作り直した。markdwonでレンダリングできるようになったので、Styleを適用していく。
published: 2020/9/8 update: 2022/4/12
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