Archive (Published Date)

2022/8 (2)

JavascriptのclassをReactで使いたいときのuseStateなどを扱う際に便利なので、Shallow Copyのやり方をまとめる

published: 2022/8/19 update: 2022/8/19

個人的にMatploblibでよく使うけど毎回探しに行っていることをまとめておく

published: 2022/8/8 update: 2022/8/8

2022/6 (3)

Rustで配列をコピーしたいとき、実際問題何をするのが早いのかという話です。結論だけ書いておくと、`clone_from_slice`を使えばいいはずです。

published: 2022/6/4 update: 2022/6/4

区間に関するクエリを行うためのツールやデータ構造に関するメモ

published: 2022/6/4 update: 2022/6/12

SQLAlchemyは素晴らしいORMですが、`django`等と違ってテストや、migrationは自分でセットアップする必要があります。この記事では、alembic, pytest, mypyを使った環境をセットアップします。

published: 2022/6/12 update: 2022/8/8

2022/5 (63)

rustで木上のDFSとDFS木

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

AWS使って遊び終わったあと放置していると請求が来るという怖い話

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

包除原理とその実装、オイラー関数に関するメモ

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

bit全探索が何をやっているのか理解するのが難しかったので、何が起こっているのかをまとめた

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

二次元平面上でダイクトストラやりたいってときのための覚書

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

競技プログラミングに関する自分用のメモ

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

マンハッタン距離に関するメモ

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

イベントソートの自分なりの解釈

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

自然言語処理技術では深層学習技術が非常に良い成果をあげています。タンパク質配列からGO Termなどのアノテーション行い、機能を推定する方法として、これまでの多くはBLASTなどの相同性検索を用いていました。最近では、いくつかのツールが深層...

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

GATK4は実行に時間がかかるツールですが、マシンパワーさえあればsplit intervalを使って高速化できます。interval listについては日本語文献が見つからなかったのでまとめておきます。

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

genomic sequenceと少しRNA-seqのパイプラインは違うので、bestpracticeをbashで実行するメモ

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

思ったよりFastAPI、PostgresでHerokuにデプロイするということにだけ焦点を当てた記事が見つからなかったので書いておきました。

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

遺伝子の機能や、進化を考察する上でタンパク質を用いた系統解析は重要な解析手法の一つとして知られている。今回は、MUSCLEを用いてマルチプルアラインメントを作成し、非保存領域をTrimAlで除去したあと、RAxMLを用いて最尤法によって系統...

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

rust-bioを使ってfastq/fastq.gzを読み書きします。

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

GO解析はよく使われる解析手法ですが、正確に理解するには、まずGOそのものに関する理解が必要になります。GO Termの基本についてまとめていきます。

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

スパコンを使っていると、qsubを使ってジョブを投げることがあるのではないかと思います。このときに、ワンライナーを実行したいときなど、一回ファイル作ってからコマンドを投げるのが非常にめんどくさいことがあります。そこで、Pythonのargp...

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

salmonの出力ファイルはquant.sfですが、その加工は非常に多岐に渡り、結構難しいです。tximportで加工できる先と用途についてまとめていきたいと思います。

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

コードを書くときに書いてる言語が何なのか表示すると、見るときに便利です。CSSだけで実現できます。

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

NGSライブラリ調製の際には多様な反応が使用されている。それらのうち、知っているものについて原理をまとめていきたい。

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

httpやftpによるSRAへのデータアップロードは遅すぎるので、IBMのaspera connectを使ってデータをアップロードするやり方を使おう。

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

世の中にはたくさんのTODOアプリが溢れていますが、自分がやりたいことをすべてできるアプリはありませんでした。じゃあ作ってみよう、という話です。

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

次世代シーケンサー(NGS)解析技術の発展に伴い、比較的安価にシーケンスを行うことができるようになってきています。NGS解析を行うにあたって重要なライブラリ調整の原理と、シーケンサーの挙動についてまとめていきます。

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

次世代シーケンサーの解析って言ってもピンとこない人が多いような気がするので、知識の整理も兼ねてその辺から軽く書いていこうと思います。生物わかんない人にわかるように頑張ろうと思います。

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

SRAからfastqファイルをダウンロードする時の関連知識

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

JavaScriptのランダムは非常に使い勝手が悪いので選択肢とか、よく使う関数などのまとめです。

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

知っておくと便利そうなbash知識をまとめていきます。

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

プログラミングの勉強や開発する時に便利なWebサービスについてまとめていきます。

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

bashのPermission関連について、すぐ忘れてしまうのでまとめておきます。

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

Powershellでpecoを使って履歴をインクリメンタルサーチしてみます。

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

Gitに関してコマンドをよく忘れるのでメモ

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

WSL2をもう少しだけ快適に使うためのTips

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

Markdown内のコードをフォーマットしたいので、作りました。

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

Pylanceは非常に優れたコーディング支援拡張機能ですが、importがよく解決されなくて困っていました。小規模開発のときはまあいいか、と思ったりするのですが、djangoとかで解決されないと結構手間なので、解決法を調べたら解決したので書...

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

集合関係の包含関係を示すとき、ベン図より使いやすいことのあるupset plotをPythonで使用するやり方です

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

PythonのClassは色々難しいので、勉強のためにまとめておきます。まずはClassの生成に関してです。__new__と__init__を中心にまとめています。

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

rustにも実はpandas likeなcrateがあることを知ったのでpandasとの対応関係をまとめてた。最善である保証はありません。

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

Wordpressでブログを作っていたが、パフォーマンスが遅いのでNext.jsで作り直した。ほしい要件、使うフレームワークの選定など。

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

構造体に対して演算子を実装するときに、マクロを使わないとすごく長くなるのでマクロの使い方についてまとめておく。

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

rustで覚えておきたいことのメモ

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

RustでJupyter環境を構築して、rust-analyzerで補完できるようにします。

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

RustでLinkedListを実装してみました。

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

ブログ記事を書くのに、MDXを使うのか、Markdownを使うのか

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

Next.jsで作ったAMPオンリーのブログをPWAにも対応させてみた。

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

next.jsで作ってみたブログにtypescriptとmaterial-uiと一緒にamp-sidebarを導入してみた。

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

Wordpressでブログを作っていたが、パフォーマンスが遅いのでNext.jsで作り直した。markdwonでレンダリングできるようになったので、Styleを適用していく。

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

Next.jsで作ってみたブログに形態素解析とflexsearchで検索機能を導入する

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

Wordpressでブログを作っていたが、パフォーマンスが遅いのでNext.jsで作り直した。mdxをレンダリングするときに使うカスタムローダーを自作してAMP対応させる話。

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

SQLに関するメモ

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

Github Actionsとcrossを使ってReleaseでクロスコンパイルしてバイナリをアップロードする

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

material-uiに関するスクラップ

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

Actix-webを使ってみたかったので、DieselのGetting StartをActix-webで実装しました。

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

single cell RNA-seqを知ってる人ならまず知っているであろう、Cell Ranger。使ったことがなかったんですが、ちょっと使ってみようかなと思いました。しかし、これ内部的にはSTARを使ってマッピングするんですが、STAR...

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

next.jsを使っているとnext.config.jsを使って設定をカスタマイズすることが多いです。next.config.jsで設定できることと、その設定の仕方についてまとめておきます。

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

Next.jsをGoogle App Engine上にCloudBuild経由でデプロイするまで

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

plotlyはJavascriptだけでなくPythonやRでも使われている非常に利便性の高いライブラリです。しかし、フロントエンドで使うにはバンドルサイズが大きすぎるという問題があります。plotlyのバンドルサイズの削減方法と、reac...

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

バイオインフォマティクスをしていて、障壁になることの1つにファイルフォーマットが多すぎる、という問題があると思います。ツールを動かそうとするとこれとこれとこれが必要となって、どうやってこの形式のファイルを作ればいいんだ?ということはよくあり...

published: 2022/5/20 update: 2022/6/12

O/Rマッパとしてprismaを使用して、簡単なCRUDをNext.jsと一緒に作成します。

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

Phylogenetic Analysis各種ステップのAlignment, Trim, Model選択, Tree Constructionに関する情報、ツールに関してまとめ

published: 2022/5/20 update: 2022/6/12

統計要約量とかを特に考慮せずに、ただデータを概観したいということがあると思います。データの分布を概観するときには、ビースウォームプロットが便利です。seabornを使うことでPythonでもビースウォームプロットを簡単に使えます。

published: 2022/5/20 update: 2022/6/12

RにはGO Enrichmentの結果をいい感じに図示してくれるライブラリがいくつかありますが、Pythonにはありません。似たような図の作成方法をまとめます。

published: 2022/5/20 update: 2022/6/12

Python、特にmatplotlibで作成したPNGファイルをJSONにSerializeしてフロントエンド側に送りたいときにどうすればいいのかについて

published: 2022/5/20 update: 2022/6/12

matplotlibを使っていて、colorbarだけ作りたいとき、そして作ったcolorbarに対して、ある値がどの色になるのか知りたい、というニッチな状況への対応策

published: 2022/5/20 update: 2022/6/12

ブログでよくある、関係のある記事をランダムで記事の一番下につけるために、Next.jsでAPIを実装したあと、amp-listを使って動的にそれらを作成します。

published: 2022/5/20 update: 2022/8/19

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2022/8 (4)

JavascriptのclassをReactで使いたいときのuseStateなどを扱う際に便利なので、Shallow Copyのやり方をまとめる

published: 2022/8/19 update: 2022/8/19

ブログでよくある、関係のある記事をランダムで記事の一番下につけるために、Next.jsでAPIを実装したあと、amp-listを使って動的にそれらを作成します。

published: 2022/5/20 update: 2022/8/19

SQLAlchemyは素晴らしいORMですが、`django`等と違ってテストや、migrationは自分でセットアップする必要があります。この記事では、alembic, pytest, mypyを使った環境をセットアップします。

published: 2022/6/12 update: 2022/8/8

個人的にMatploblibでよく使うけど毎回探しに行っていることをまとめておく

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2022/6 (8)

Rustで配列をコピーしたいとき、実際問題何をするのが早いのかという話です。結論だけ書いておくと、`clone_from_slice`を使えばいいはずです。

published: 2022/6/4 update: 2022/6/4

バイオインフォマティクスをしていて、障壁になることの1つにファイルフォーマットが多すぎる、という問題があると思います。ツールを動かそうとするとこれとこれとこれが必要となって、どうやってこの形式のファイルを作ればいいんだ?ということはよくあり...

published: 2022/5/20 update: 2022/6/12

Phylogenetic Analysis各種ステップのAlignment, Trim, Model選択, Tree Constructionに関する情報、ツールに関してまとめ

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統計要約量とかを特に考慮せずに、ただデータを概観したいということがあると思います。データの分布を概観するときには、ビースウォームプロットが便利です。seabornを使うことでPythonでもビースウォームプロットを簡単に使えます。

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RにはGO Enrichmentの結果をいい感じに図示してくれるライブラリがいくつかありますが、Pythonにはありません。似たような図の作成方法をまとめます。

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Python、特にmatplotlibで作成したPNGファイルをJSONにSerializeしてフロントエンド側に送りたいときにどうすればいいのかについて

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matplotlibを使っていて、colorbarだけ作りたいとき、そして作ったcolorbarに対して、ある値がどの色になるのか知りたい、というニッチな状況への対応策

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区間に関するクエリを行うためのツールやデータ構造に関するメモ

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2022/5 (56)

rustで木上のDFSとDFS木

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AWS使って遊び終わったあと放置していると請求が来るという怖い話

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包除原理とその実装、オイラー関数に関するメモ

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bit全探索が何をやっているのか理解するのが難しかったので、何が起こっているのかをまとめた

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二次元平面上でダイクトストラやりたいってときのための覚書

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競技プログラミングに関する自分用のメモ

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マンハッタン距離に関するメモ

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イベントソートの自分なりの解釈

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

自然言語処理技術では深層学習技術が非常に良い成果をあげています。タンパク質配列からGO Termなどのアノテーション行い、機能を推定する方法として、これまでの多くはBLASTなどの相同性検索を用いていました。最近では、いくつかのツールが深層...

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

GATK4は実行に時間がかかるツールですが、マシンパワーさえあればsplit intervalを使って高速化できます。interval listについては日本語文献が見つからなかったのでまとめておきます。

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genomic sequenceと少しRNA-seqのパイプラインは違うので、bestpracticeをbashで実行するメモ

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思ったよりFastAPI、PostgresでHerokuにデプロイするということにだけ焦点を当てた記事が見つからなかったので書いておきました。

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遺伝子の機能や、進化を考察する上でタンパク質を用いた系統解析は重要な解析手法の一つとして知られている。今回は、MUSCLEを用いてマルチプルアラインメントを作成し、非保存領域をTrimAlで除去したあと、RAxMLを用いて最尤法によって系統...

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

rust-bioを使ってfastq/fastq.gzを読み書きします。

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GO解析はよく使われる解析手法ですが、正確に理解するには、まずGOそのものに関する理解が必要になります。GO Termの基本についてまとめていきます。

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スパコンを使っていると、qsubを使ってジョブを投げることがあるのではないかと思います。このときに、ワンライナーを実行したいときなど、一回ファイル作ってからコマンドを投げるのが非常にめんどくさいことがあります。そこで、Pythonのargp...

published: 2022/5/20 update: 2022/5/20

salmonの出力ファイルはquant.sfですが、その加工は非常に多岐に渡り、結構難しいです。tximportで加工できる先と用途についてまとめていきたいと思います。

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コードを書くときに書いてる言語が何なのか表示すると、見るときに便利です。CSSだけで実現できます。

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NGSライブラリ調製の際には多様な反応が使用されている。それらのうち、知っているものについて原理をまとめていきたい。

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httpやftpによるSRAへのデータアップロードは遅すぎるので、IBMのaspera connectを使ってデータをアップロードするやり方を使おう。

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世の中にはたくさんのTODOアプリが溢れていますが、自分がやりたいことをすべてできるアプリはありませんでした。じゃあ作ってみよう、という話です。

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次世代シーケンサー(NGS)解析技術の発展に伴い、比較的安価にシーケンスを行うことができるようになってきています。NGS解析を行うにあたって重要なライブラリ調整の原理と、シーケンサーの挙動についてまとめていきます。

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次世代シーケンサーの解析って言ってもピンとこない人が多いような気がするので、知識の整理も兼ねてその辺から軽く書いていこうと思います。生物わかんない人にわかるように頑張ろうと思います。

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SRAからfastqファイルをダウンロードする時の関連知識

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JavaScriptのランダムは非常に使い勝手が悪いので選択肢とか、よく使う関数などのまとめです。

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知っておくと便利そうなbash知識をまとめていきます。

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プログラミングの勉強や開発する時に便利なWebサービスについてまとめていきます。

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bashのPermission関連について、すぐ忘れてしまうのでまとめておきます。

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Powershellでpecoを使って履歴をインクリメンタルサーチしてみます。

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Gitに関してコマンドをよく忘れるのでメモ

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WSL2をもう少しだけ快適に使うためのTips

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Markdown内のコードをフォーマットしたいので、作りました。

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Pylanceは非常に優れたコーディング支援拡張機能ですが、importがよく解決されなくて困っていました。小規模開発のときはまあいいか、と思ったりするのですが、djangoとかで解決されないと結構手間なので、解決法を調べたら解決したので書...

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集合関係の包含関係を示すとき、ベン図より使いやすいことのあるupset plotをPythonで使用するやり方です

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PythonのClassは色々難しいので、勉強のためにまとめておきます。まずはClassの生成に関してです。__new__と__init__を中心にまとめています。

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rustにも実はpandas likeなcrateがあることを知ったのでpandasとの対応関係をまとめてた。最善である保証はありません。

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Wordpressでブログを作っていたが、パフォーマンスが遅いのでNext.jsで作り直した。ほしい要件、使うフレームワークの選定など。

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構造体に対して演算子を実装するときに、マクロを使わないとすごく長くなるのでマクロの使い方についてまとめておく。

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rustで覚えておきたいことのメモ

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RustでJupyter環境を構築して、rust-analyzerで補完できるようにします。

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RustでLinkedListを実装してみました。

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ブログ記事を書くのに、MDXを使うのか、Markdownを使うのか

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Next.jsで作ったAMPオンリーのブログをPWAにも対応させてみた。

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next.jsで作ってみたブログにtypescriptとmaterial-uiと一緒にamp-sidebarを導入してみた。

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Wordpressでブログを作っていたが、パフォーマンスが遅いのでNext.jsで作り直した。markdwonでレンダリングできるようになったので、Styleを適用していく。

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Next.jsで作ってみたブログに形態素解析とflexsearchで検索機能を導入する

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Wordpressでブログを作っていたが、パフォーマンスが遅いのでNext.jsで作り直した。mdxをレンダリングするときに使うカスタムローダーを自作してAMP対応させる話。

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SQLに関するメモ

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Github Actionsとcrossを使ってReleaseでクロスコンパイルしてバイナリをアップロードする

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material-uiに関するスクラップ

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Actix-webを使ってみたかったので、DieselのGetting StartをActix-webで実装しました。

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single cell RNA-seqを知ってる人ならまず知っているであろう、Cell Ranger。使ったことがなかったんですが、ちょっと使ってみようかなと思いました。しかし、これ内部的にはSTARを使ってマッピングするんですが、STAR...

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next.jsを使っているとnext.config.jsを使って設定をカスタマイズすることが多いです。next.config.jsで設定できることと、その設定の仕方についてまとめておきます。

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Next.jsをGoogle App Engine上にCloudBuild経由でデプロイするまで

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plotlyはJavascriptだけでなくPythonやRでも使われている非常に利便性の高いライブラリです。しかし、フロントエンドで使うにはバンドルサイズが大きすぎるという問題があります。plotlyのバンドルサイズの削減方法と、reac...

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O/Rマッパとしてprismaを使用して、簡単なCRUDをNext.jsと一緒に作成します。

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