Recent Posts: bioinformatics

salmonの出力ファイルをtximportで加工する

salmonの出力ファイルはquant.sfですが、その加工は非常に多岐に渡り、結構難しいです。tximportで加工できる先と用途についてまとめていきたいと思います。

published: 2021/1/19 update: 2021/1/19

Rustでfastq/fastq.gzを読み書きする

rust-bioを使ってfastq/fastq.gzを読み書きします。

published: 2020/12/25 update: 2020/12/25

知っておくと便利なbash知識

知っておくと便利そうなbash知識をまとめていきます。

published: 2020/9/28 update: 2020/12/11

GATK4をsplit intervalを使って高速化する

GATK4は実行に時間がかかるツールですが、マシンパワーさえあればsplit intervalを使って高速化できます。interval listについては日本語文献が見つからなかったのでまとめておきます。

published: 2020/9/27 update: 2020/9/27

Bioinformaticsで使うファイルフォーマットまとめ

バイオインフォマティクスをしていて、障壁になることの1つにファイルフォーマットが多すぎる、という問題があると思います。ツールを動かそうとするとこれとこれとこれが必要となって、どうやってこの形式のファイルを作ればいいんだ?ということはよくあり...

published: 2020/9/7 update: 2020/9/9

CellRangerでSTARのパラメータを変更する

single cell RNA-seqを知ってる人ならまず知っているであろう、Cell Ranger。使ったことがなかったんですが、ちょっと使ってみようかなと思いました。しかし、これ内部的にはSTARを使ってマッピングするんですが、STAR...

published: 2020/9/9 update: 2020/9/9

MUSCLE + trimal + RAxML-ng-mpiを使って最尤法で系統解析

遺伝子の機能や、進化を考察する上でタンパク質を用いた系統解析は重要な解析手法の一つとして知られている。今回は、MUSCLEを用いてマルチプルアラインメントを作成し、非保存領域をTrimAlで除去したあと、RAxMLを用いて最尤法によって系統...

published: 2020/9/9 update: 2020/9/9

コマンドをqsubで直接ジョブに投げられるようにする

スパコンを使っていると、qsubを使ってジョブを投げることがあるのではないかと思います。このときに、ワンライナーを実行したいときなど、一回ファイル作ってからコマンドを投げるのが非常にめんどくさいことがあります。そこで、Pythonのargp...

published: 2020/9/9 update: 2020/9/9

gatk4のRNA-seq bestpractice

genomic sequenceと少しRNA-seqのパイプラインは違うので、bestpracticeをbashで実行するメモ

published: 2020/9/9 update: 2020/9/9

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