salmonの出力ファイルはquant.sfですが、その加工は非常に多岐に渡り、結構難しいです。tximportで加工できる先と用途についてまとめていきたいと思います。
published: 2021/1/19 update: 2021/1/19
rust-bioを使ってfastq/fastq.gzを読み書きします。
published: 2020/12/25 update: 2020/12/25
GATK4は実行に時間がかかるツールですが、マシンパワーさえあればsplit intervalを使って高速化できます。interval listについては日本語文献が見つからなかったのでまとめておきます。
published: 2020/9/27 update: 2020/9/27
バイオインフォマティクスをしていて、障壁になることの1つにファイルフォーマットが多すぎる、という問題があると思います。ツールを動かそうとするとこれとこれとこれが必要となって、どうやってこの形式のファイルを作ればいいんだ？ということはよくあり...
published: 2020/9/7 update: 2020/9/9
single cell RNA-seqを知ってる人ならまず知っているであろう、Cell Ranger。使ったことがなかったんですが、ちょっと使ってみようかなと思いました。しかし、これ内部的にはSTARを使ってマッピングするんですが、STAR...
published: 2020/9/9 update: 2020/9/9
遺伝子の機能や、進化を考察する上でタンパク質を用いた系統解析は重要な解析手法の一つとして知られている。今回は、MUSCLEを用いてマルチプルアラインメントを作成し、非保存領域をTrimAlで除去したあと、RAxMLを用いて最尤法によって系統...
published: 2020/9/9 update: 2020/9/9
スパコンを使っていると、qsubを使ってジョブを投げることがあるのではないかと思います。このときに、ワンライナーを実行したいときなど、一回ファイル作ってからコマンドを投げるのが非常にめんどくさいことがあります。そこで、Pythonのargp...
published: 2020/9/9 update: 2020/9/9
genomic sequenceと少しRNA-seqのパイプラインは違うので、bestpracticeをbashで実行するメモ
published: 2020/9/9 update: 2020/9/9
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