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Bioinformaticsで使うファイルフォーマットまとめ

バイオインフォマティクスをしていて、障壁になることの1つにファイルフォーマットが多すぎる、という問題があると思います。ツールを動かそうとするとこれとこれとこれが必要となって、どうやってこの形式のファイルを作ればいいんだ?ということはよくあり...

published: 2020/9/7 update: 2020/9/9

CellRangerでSTARのパラメータを変更する

single cell RNA-seqを知ってる人ならまず知っているであろう、Cell Ranger。使ったことがなかったんですが、ちょっと使ってみようかなと思いました。しかし、これ内部的にはSTARを使ってマッピングするんですが、STAR...

published: 2020/9/9 update: 2020/9/9

MUSCLE + trimal + RAxML-ng-mpiを使って最尤法で系統解析

遺伝子の機能や、進化を考察する上でタンパク質を用いた系統解析は重要な解析手法の一つとして知られている。今回は、MUSCLEを用いてマルチプルアラインメントを作成し、非保存領域をTrimAlで除去したあと、RAxMLを用いて最尤法によって系統...

published: 2020/9/9 update: 2020/9/9

コマンドをqsubで直接ジョブに投げられるようにする

スパコンを使っていると、qsubを使ってジョブを投げることがあるのではないかと思います。このときに、ワンライナーを実行したいときなど、一回ファイル作ってからコマンドを投げるのが非常にめんどくさいことがあります。そこで、Pythonのargp...

published: 2020/9/9 update: 2020/9/9

MDX or Markdown ?

ブログ記事を書くのに、MDXを使うのか、Markdownを使うのか

published: 2020/9/7 update: 2020/9/9

ABC097

Atcoder練習帳 ABC097

published: 2020/9/7 update: 2020/9/9

gatk4のRNA-seq bestpractice

genomic sequenceと少しRNA-seqのパイプラインは違うので、bestpracticeをbashで実行するメモ

published: 2020/9/9 update: 2020/9/9

Next.jsで作ったブログにStyleを適用していく

Wordpressでブログを作っていたが、パフォーマンスが遅いのでNext.jsで作り直した。markdwonでレンダリングできるようになったので、Styleを適用していく。

published: 2020/9/7 update: 2020/9/9

Next.jsでカスタムローダーを使ってmdxをAMP対応させる

Wordpressでブログを作っていたが、パフォーマンスが遅いのでNext.jsで作り直した。mdxをレンダリングするときに使うカスタムローダーを自作してAMP対応させる話。

published: 2020/9/9 update: 2020/9/9

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