Archive (Published Date)

2021/10 (2)

イベントソートの自分なりの解釈

published: 2021/10/1 update: 2021/10/1

Gitに関してコマンドをよく忘れるのでメモ

published: 2021/10/1 update: 2021/10/1

2021/9 (3)

httpやftpによるSRAへのデータアップロードは遅すぎるので、IBMのaspera connectを使ってデータをアップロードするやり方を使おう。

published: 2021/9/11 update: 2021/9/24

material-uiに関するスクラップ

published: 2021/9/22 update: 2021/9/24

プログラミングの勉強や開発する時に便利なWebサービスについてまとめていきます。

published: 2021/9/5 update: 2021/9/24

2021/8 (11)

Atcoder練習帳

published: 2021/8/26 update: 2021/9/24

bit全探索が何をやっているのか理解するのが難しかったので、何が起こっているのかをまとめた

published: 2021/8/26 update: 2021/9/24

競技プログラミングに関する自分用のメモ

published: 2021/8/26 update: 2021/9/24

rustで木上のDFSとDFS木

published: 2021/8/26 update: 2021/9/24

二次元平面上でダイクトストラやりたいってときのための覚書

published: 2021/8/26 update: 2021/9/24

包除原理とその実装、オイラー関数に関するメモ

published: 2021/8/26 update: 2021/9/24

マンハッタン距離に関するメモ

published: 2021/8/26 update: 2021/9/24

AWS使って遊び終わったあと放置していると請求が来るという怖い話

published: 2021/8/26 update: 2021/9/24

統計要約量とかを特に考慮せずに、ただデータを概観したいということがあると思います。データの分布を概観するときには、ビースウォームプロットが便利です。seabornを使うことでPythonでもビースウォームプロットを簡単に使えます。

published: 2021/8/26 update: 2021/9/24

集合関係の包含関係を示すとき、ベン図より使いやすいことのあるupset plotをPythonで使用するやり方です

published: 2021/8/26 update: 2021/9/24

RustでLinkedListを実装してみました。

published: 2021/8/9 update: 2021/9/24

2021/7 (7)

JavaScriptのランダムは非常に使い勝手が悪いので選択肢とか、よく使う関数などのまとめです。

published: 2021/7/15 update: 2021/9/24

plotlyはJavascriptだけでなくPythonやRでも使われている非常に利便性の高いライブラリです。しかし、フロントエンドで使うにはバンドルサイズが大きすぎるという問題があります。plotlyのバンドルサイズの削減方法と、reac...

published: 2021/7/3 update: 2021/9/24

bashのPermission関連について、すぐ忘れてしまうのでまとめておきます。

published: 2021/7/1 update: 2021/9/24

Actix-webを使ってみたかったので、DieselのGetting StartをActix-webで実装しました。

published: 2021/7/19 update: 2021/9/24

Markdown内のコードをフォーマットしたいので、作りました。

published: 2021/7/16 update: 2021/9/24

構造体に対して演算子を実装するときに、マクロを使わないとすごく長くなるのでマクロの使い方についてまとめておく。

published: 2021/7/31 update: 2021/9/24

rustで覚えておきたいことのメモ

published: 2021/7/17 update: 2021/9/24

2021/6 (9)

思ったよりFastAPI、PostgresでHerokuにデプロイするということにだけ焦点を当てた記事が見つからなかったので書いておきました。

published: 2021/6/20 update: 2021/9/24

SQLに関するメモ

published: 2021/6/16 update: 2021/9/24

次世代シーケンサー(NGS)解析技術の発展に伴い、比較的安価にシーケンスを行うことができるようになってきています。NGS解析を行うにあたって重要なライブラリ調整の原理と、シーケンサーの挙動についてまとめていきます。

published: 2021/6/21 update: 2021/9/24

コードを書くときに書いてる言語が何なのか表示すると、見るときに便利です。CSSだけで実現できます。

published: 2021/6/27 update: 2021/9/24

ブログでよくある、関係のある記事をランダムで記事の一番下につけるために、Next.jsでAPIを実装したあと、amp-listを使って動的にそれらを作成します。

published: 2021/6/28 update: 2021/9/24

next.jsを使っているとnext.config.jsを使って設定をカスタマイズすることが多いです。next.config.jsで設定できることと、その設定の仕方についてまとめておきます。

published: 2021/6/28 update: 2021/9/24

知っておくと便利そうなbash知識をまとめていきます。

published: 2021/6/29 update: 2021/9/24

Powershellでpecoを使って履歴をインクリメンタルサーチしてみます。

published: 2021/6/26 update: 2021/9/24

PythonのClassは色々難しいので、勉強のためにまとめておきます。まずはClassの生成に関してです。__new__と__init__を中心にまとめています。

published: 2021/6/29 update: 2021/9/24

2021/4 (1)

自然言語処理技術では深層学習技術が非常に良い成果をあげています。タンパク質配列からGO Termなどのアノテーション行い、機能を推定する方法として、これまでの多くはBLASTなどの相同性検索を用いていました。最近では、いくつかのツールが深層...

published: 2021/4/11 update: 2021/9/24

2021/2 (1)

Pylanceは非常に優れたコーディング支援拡張機能ですが、importがよく解決されなくて困っていました。小規模開発のときはまあいいか、と思ったりするのですが、djangoとかで解決されないと結構手間なので、解決法を調べたら解決したので書...

published: 2021/2/17 update: 2021/9/24

2021/1 (4)

salmonの出力ファイルはquant.sfですが、その加工は非常に多岐に渡り、結構難しいです。tximportで加工できる先と用途についてまとめていきたいと思います。

published: 2021/1/19 update: 2021/9/24

NGSライブラリ調製の際には多様な反応が使用されている。それらのうち、知っているものについて原理をまとめていきたい。

published: 2021/1/3 update: 2021/9/24

次世代シーケンサーの解析って言ってもピンとこない人が多いような気がするので、知識の整理も兼ねてその辺から軽く書いていこうと思います。生物わかんない人にわかるように頑張ろうと思います。

published: 2021/1/3 update: 2021/9/24

rustにも実はpandas likeなcrateがあることを知ったのでpandasとの対応関係をまとめてた。最善である保証はありません。

published: 2021/1/9 update: 2021/9/24

2020/12 (1)

rust-bioを使ってfastq/fastq.gzを読み書きします。

published: 2020/12/25 update: 2021/9/24

2020/10 (1)

Github Actionsとcrossを使ってReleaseでクロスコンパイルしてバイナリをアップロードする

published: 2020/10/8 update: 2021/9/24

2020/9 (15)

バイオインフォマティクスをしていて、障壁になることの1つにファイルフォーマットが多すぎる、という問題があると思います。ツールを動かそうとするとこれとこれとこれが必要となって、どうやってこの形式のファイルを作ればいいんだ?ということはよくあり...

published: 2020/9/7 update: 2021/9/24

single cell RNA-seqを知ってる人ならまず知っているであろう、Cell Ranger。使ったことがなかったんですが、ちょっと使ってみようかなと思いました。しかし、これ内部的にはSTARを使ってマッピングするんですが、STAR...

published: 2020/9/9 update: 2021/9/24

GATK4は実行に時間がかかるツールですが、マシンパワーさえあればsplit intervalを使って高速化できます。interval listについては日本語文献が見つからなかったのでまとめておきます。

published: 2020/9/27 update: 2021/9/24

genomic sequenceと少しRNA-seqのパイプラインは違うので、bestpracticeをbashで実行するメモ

published: 2020/9/9 update: 2021/9/24

遺伝子の機能や、進化を考察する上でタンパク質を用いた系統解析は重要な解析手法の一つとして知られている。今回は、MUSCLEを用いてマルチプルアラインメントを作成し、非保存領域をTrimAlで除去したあと、RAxMLを用いて最尤法によって系統...

published: 2020/9/9 update: 2021/9/24

スパコンを使っていると、qsubを使ってジョブを投げることがあるのではないかと思います。このときに、ワンライナーを実行したいときなど、一回ファイル作ってからコマンドを投げるのが非常にめんどくさいことがあります。そこで、Pythonのargp...

published: 2020/9/9 update: 2021/9/24

Python、特にmatplotlibで作成したPNGファイルをJSONにSerializeしてフロントエンド側に送りたいときにどうすればいいのかについて

published: 2020/9/24 update: 2021/9/24

Wordpressでブログを作っていたが、パフォーマンスが遅いのでNext.jsで作り直した。ほしい要件、使うフレームワークの選定など。

published: 2020/9/7 update: 2021/9/24

ブログ記事を書くのに、MDXを使うのか、Markdownを使うのか

published: 2020/9/7 update: 2021/9/24

Wordpressでブログを作っていたが、パフォーマンスが遅いのでNext.jsで作り直した。markdwonでレンダリングできるようになったので、Styleを適用していく。

published: 2020/9/7 update: 2021/10/1

Wordpressでブログを作っていたが、パフォーマンスが遅いのでNext.jsで作り直した。mdxをレンダリングするときに使うカスタムローダーを自作してAMP対応させる話。

published: 2020/9/9 update: 2021/9/24

Next.jsで作ってみたブログに形態素解析とflexsearchで検索機能を導入する

published: 2020/9/13 update: 2021/9/24

next.jsで作ってみたブログにtypescriptとmaterial-uiと一緒にamp-sidebarを導入してみた。

published: 2020/9/29 update: 2021/9/24

Next.jsで作ったAMPオンリーのブログをPWAにも対応させてみた。

published: 2020/9/30 update: 2021/9/24

matplotlibを使っていて、colorbarだけ作りたいとき、そして作ったcolorbarに対して、ある値がどの色になるのか知りたい、というニッチな状況への対応策

published: 2020/9/25 update: 2021/9/24

Archive (Update Date)

2021/10 (3)

イベントソートの自分なりの解釈

published: 2021/10/1 update: 2021/10/1

Wordpressでブログを作っていたが、パフォーマンスが遅いのでNext.jsで作り直した。markdwonでレンダリングできるようになったので、Styleを適用していく。

published: 2020/9/7 update: 2021/10/1

Gitに関してコマンドをよく忘れるのでメモ

published: 2021/10/1 update: 2021/10/1

2021/9 (52)

Atcoder練習帳

published: 2021/8/26 update: 2021/9/24

bit全探索が何をやっているのか理解するのが難しかったので、何が起こっているのかをまとめた

published: 2021/8/26 update: 2021/9/24

競技プログラミングに関する自分用のメモ

published: 2021/8/26 update: 2021/9/24

rustで木上のDFSとDFS木

published: 2021/8/26 update: 2021/9/24

二次元平面上でダイクトストラやりたいってときのための覚書

published: 2021/8/26 update: 2021/9/24

包除原理とその実装、オイラー関数に関するメモ

published: 2021/8/26 update: 2021/9/24

マンハッタン距離に関するメモ

published: 2021/8/26 update: 2021/9/24

AWS使って遊び終わったあと放置していると請求が来るという怖い話

published: 2021/8/26 update: 2021/9/24

思ったよりFastAPI、PostgresでHerokuにデプロイするということにだけ焦点を当てた記事が見つからなかったので書いておきました。

published: 2021/6/20 update: 2021/9/24

SQLに関するメモ

published: 2021/6/16 update: 2021/9/24

バイオインフォマティクスをしていて、障壁になることの1つにファイルフォーマットが多すぎる、という問題があると思います。ツールを動かそうとするとこれとこれとこれが必要となって、どうやってこの形式のファイルを作ればいいんだ?ということはよくあり...

published: 2020/9/7 update: 2021/9/24

single cell RNA-seqを知ってる人ならまず知っているであろう、Cell Ranger。使ったことがなかったんですが、ちょっと使ってみようかなと思いました。しかし、これ内部的にはSTARを使ってマッピングするんですが、STAR...

published: 2020/9/9 update: 2021/9/24

GATK4は実行に時間がかかるツールですが、マシンパワーさえあればsplit intervalを使って高速化できます。interval listについては日本語文献が見つからなかったのでまとめておきます。

published: 2020/9/27 update: 2021/9/24

genomic sequenceと少しRNA-seqのパイプラインは違うので、bestpracticeをbashで実行するメモ

published: 2020/9/9 update: 2021/9/24

自然言語処理技術では深層学習技術が非常に良い成果をあげています。タンパク質配列からGO Termなどのアノテーション行い、機能を推定する方法として、これまでの多くはBLASTなどの相同性検索を用いていました。最近では、いくつかのツールが深層...

published: 2021/4/11 update: 2021/9/24

遺伝子の機能や、進化を考察する上でタンパク質を用いた系統解析は重要な解析手法の一つとして知られている。今回は、MUSCLEを用いてマルチプルアラインメントを作成し、非保存領域をTrimAlで除去したあと、RAxMLを用いて最尤法によって系統...

published: 2020/9/9 update: 2021/9/24

スパコンを使っていると、qsubを使ってジョブを投げることがあるのではないかと思います。このときに、ワンライナーを実行したいときなど、一回ファイル作ってからコマンドを投げるのが非常にめんどくさいことがあります。そこで、Pythonのargp...

published: 2020/9/9 update: 2021/9/24

rust-bioを使ってfastq/fastq.gzを読み書きします。

published: 2020/12/25 update: 2021/9/24

salmonの出力ファイルはquant.sfですが、その加工は非常に多岐に渡り、結構難しいです。tximportで加工できる先と用途についてまとめていきたいと思います。

published: 2021/1/19 update: 2021/9/24

httpやftpによるSRAへのデータアップロードは遅すぎるので、IBMのaspera connectを使ってデータをアップロードするやり方を使おう。

published: 2021/9/11 update: 2021/9/24

NGSライブラリ調製の際には多様な反応が使用されている。それらのうち、知っているものについて原理をまとめていきたい。

published: 2021/1/3 update: 2021/9/24

次世代シーケンサーの解析って言ってもピンとこない人が多いような気がするので、知識の整理も兼ねてその辺から軽く書いていこうと思います。生物わかんない人にわかるように頑張ろうと思います。

published: 2021/1/3 update: 2021/9/24

次世代シーケンサー(NGS)解析技術の発展に伴い、比較的安価にシーケンスを行うことができるようになってきています。NGS解析を行うにあたって重要なライブラリ調整の原理と、シーケンサーの挙動についてまとめていきます。

published: 2021/6/21 update: 2021/9/24

コードを書くときに書いてる言語が何なのか表示すると、見るときに便利です。CSSだけで実現できます。

published: 2021/6/27 update: 2021/9/24

JavaScriptのランダムは非常に使い勝手が悪いので選択肢とか、よく使う関数などのまとめです。

published: 2021/7/15 update: 2021/9/24

Python、特にmatplotlibで作成したPNGファイルをJSONにSerializeしてフロントエンド側に送りたいときにどうすればいいのかについて

published: 2020/9/24 update: 2021/9/24

Wordpressでブログを作っていたが、パフォーマンスが遅いのでNext.jsで作り直した。ほしい要件、使うフレームワークの選定など。

published: 2020/9/7 update: 2021/9/24

ブログ記事を書くのに、MDXを使うのか、Markdownを使うのか

published: 2020/9/7 update: 2021/9/24

Wordpressでブログを作っていたが、パフォーマンスが遅いのでNext.jsで作り直した。mdxをレンダリングするときに使うカスタムローダーを自作してAMP対応させる話。

published: 2020/9/9 update: 2021/9/24

Next.jsで作ってみたブログに形態素解析とflexsearchで検索機能を導入する

published: 2020/9/13 update: 2021/9/24

next.jsで作ってみたブログにtypescriptとmaterial-uiと一緒にamp-sidebarを導入してみた。

published: 2020/9/29 update: 2021/9/24

Next.jsで作ったAMPオンリーのブログをPWAにも対応させてみた。

published: 2020/9/30 update: 2021/9/24

ブログでよくある、関係のある記事をランダムで記事の一番下につけるために、Next.jsでAPIを実装したあと、amp-listを使って動的にそれらを作成します。

published: 2021/6/28 update: 2021/9/24

material-uiに関するスクラップ

published: 2021/9/22 update: 2021/9/24

next.jsを使っているとnext.config.jsを使って設定をカスタマイズすることが多いです。next.config.jsで設定できることと、その設定の仕方についてまとめておきます。

published: 2021/6/28 update: 2021/9/24

plotlyはJavascriptだけでなくPythonやRでも使われている非常に利便性の高いライブラリです。しかし、フロントエンドで使うにはバンドルサイズが大きすぎるという問題があります。plotlyのバンドルサイズの削減方法と、reac...

published: 2021/7/3 update: 2021/9/24

知っておくと便利そうなbash知識をまとめていきます。

published: 2021/6/29 update: 2021/9/24

bashのPermission関連について、すぐ忘れてしまうのでまとめておきます。

published: 2021/7/1 update: 2021/9/24

Powershellでpecoを使って履歴をインクリメンタルサーチしてみます。

published: 2021/6/26 update: 2021/9/24

プログラミングの勉強や開発する時に便利なWebサービスについてまとめていきます。

published: 2021/9/5 update: 2021/9/24

matplotlibを使っていて、colorbarだけ作りたいとき、そして作ったcolorbarに対して、ある値がどの色になるのか知りたい、というニッチな状況への対応策

published: 2020/9/25 update: 2021/9/24

Pylanceは非常に優れたコーディング支援拡張機能ですが、importがよく解決されなくて困っていました。小規模開発のときはまあいいか、と思ったりするのですが、djangoとかで解決されないと結構手間なので、解決法を調べたら解決したので書...

published: 2021/2/17 update: 2021/9/24

統計要約量とかを特に考慮せずに、ただデータを概観したいということがあると思います。データの分布を概観するときには、ビースウォームプロットが便利です。seabornを使うことでPythonでもビースウォームプロットを簡単に使えます。

published: 2021/8/26 update: 2021/9/24

PythonのClassは色々難しいので、勉強のためにまとめておきます。まずはClassの生成に関してです。__new__と__init__を中心にまとめています。

published: 2021/6/29 update: 2021/9/24

集合関係の包含関係を示すとき、ベン図より使いやすいことのあるupset plotをPythonで使用するやり方です

published: 2021/8/26 update: 2021/9/24

Actix-webを使ってみたかったので、DieselのGetting StartをActix-webで実装しました。

published: 2021/7/19 update: 2021/9/24

Markdown内のコードをフォーマットしたいので、作りました。

published: 2021/7/16 update: 2021/9/24

Github Actionsとcrossを使ってReleaseでクロスコンパイルしてバイナリをアップロードする

published: 2020/10/8 update: 2021/9/24

構造体に対して演算子を実装するときに、マクロを使わないとすごく長くなるのでマクロの使い方についてまとめておく。

published: 2021/7/31 update: 2021/9/24

RustでLinkedListを実装してみました。

published: 2021/8/9 update: 2021/9/24

rustにも実はpandas likeなcrateがあることを知ったのでpandasとの対応関係をまとめてた。最善である保証はありません。

published: 2021/1/9 update: 2021/9/24

rustで覚えておきたいことのメモ

published: 2021/7/17 update: 2021/9/24

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